يرى عدد من المحللين ان المجلس العسكرى يعول على حسن سير المرحلة الاولى من الانتخابات التشريعية في التصدي لمعارضيه، لكن طول مدة العملية الانتخابية وقوة نفوذ الاسلاميين، وتوقع ان تسفر هذه الانتخابات عن برلمان يحظى بشرعية شعبية قوية ستضعه امام تحديات ثقيلة اخرى. فقد تعارضت صور الصفوف الطويلة من الناخبين، الذين وقفوا ينتظرون في هدوء في القاهرة او في الاسكندرية لانتخاب نوابهم مع صور المواجهات الدامية، التي جرت بين المتظاهرين المطالبين برحيل المجلس العسكرى وبين قوات الامن في الايام الاخيرة، والقت بظلال قاتمة على المشهد السياسي. وقال اللواء محمد الاعسر "يمكن للشعب والقوات المسلحة اعتبار الثامن والعشرين من نوفمبر (يوم بدء التصويت) يوم عيد للمصريين".
وقد ابقى المجلس المجلس العسكرى، الذي يحكم البلاد منذ سقوط الرئيس السابق حسني مبارك، على المواعيد المقررة للانتخابات رغم المخاوف من ان تؤثر هذه المواجهات الدامية على حسن سير الاقتراع، مثيرا الاعتقاد بانه يريد اللعب بورقة "الاغلبية الصامتة" في مواجهة المعارضة الثائرة في ميدان التحرير.
وكانت بعض الشخصيات قد اشارت الى صعوبة اجراء انتخابات سليمة وسط المناخ المضطرب. في المقابل اصر الاخوان المسلمون، الذين يرون انهم في موقع قوة، على اجرائها في موعدها محذرين من اي تاجيل.
ويقول عز الدين شكري الاستاذ في الجامعة الاميركية في القاهرة، ان "الرسالة هي ان الشعب يريد تولي شؤونه وانه لن يسمح بعد الان بنظام سلطوي".
وكان الجيش اثار قبل الانتخابات مخاوف من رغبة حقيقية في البقاء في السلطة، مع مشروع يضمن بقاء ميزانيته بعيدة عن اي نقاش برلماني ويعطيه الكلمة الفصل في اي قانون يتعلق به.
كما تعين انتظار عدة ايام من المواجهات في القاهرة، وفي كثير غيرها من المدن قبل ان يحدد المشير طنطاوي رئيس المجلس العسكرى يونيو 2012، موعدا لاجراء انتخابات رئاسية يتعين ان يقوم بعدها الجيش بنقل السلطة الى المدنيين.
ويقول كريم الاسير الباحث في معهد الدراسات المستقل "سيغنت" ان "برلمانا له شرعية شعبية قوية يمكن مستقبلا ان يطرح تحديا اضافيا لسلطة المجلس العسكري".
كما ان طول مدة العملية الانتخابية التي تجرى على ثلاث مراحل متتالية على مستوى الجمهورية حتى 11 يناير المقبل بالنسبة لمجلس الشعب ثم حتى 11 مارس بالنسبة لمجلس الشورى يمكن ان تنطوي على مخاطر.
ويرى شكري ان "هذه المدة تنطوي على مخاطر امنية خاصة في المناطق الريفية والنائية. قد ان تحدث امور كثيرة وتظهر ازمات اخرى في الاسابيع المقبلة".
كما انه مع نهاية الانتخابات ستبدا مرحلة اخرى، وهي مرحلة صياغة الدستور الجديد الحاسم بالنسبة لمستقبل نفوذ المؤسسة العسكرية، التي خرج من صفوفها كل رؤساء مصر منذ الاطاحة بالحكم الملكي عام 1952.
ومن التحديات الاخرى التي ستطرحها هذه المرحلة مسالة الابقاء على الحكومة التي عينها الجيش او تشكيل حكومة يختارها البرلمان الجديد.
وفي هذا الاطار يمكن ايضا ان يحمل تمثيل قوى محتمل لجماعة الاخوان المسلمين الجيش، على التنازل في هذا الصدد حيث اعلنت الجماعة مسبقا تفضيلها للنظام البرلماني. ويقول توفيف اكليماندوس ان "معركة الدستور الكبرى ليست سوى في بدايتها".