حمّل المفكر الإسلامى، ورئيس لجنة الفتوى الأسبق، الشيخ جمال قطب، المؤسسات الدينية فى مصر، تداعيات أحداث الفتنة الطائفية قبل وبعد الثورة، مطالبا بتغيير رأس القيادات والاستقلال التام، كما انتقد مبادرة بيت العائلة، التى يتبناها شيخ الأزهر، واصفا إياها بالممارسات البدوية. بينما رفض عضوا مجمع البحوث الاسلامية عبدالمعطى بيومى ومحمود مهنا تحميل المؤسسة الدينية والخطاب الدينى المسئولية مؤكدين أن «التراخى من الناحية القانونية (قبل وبعد الثورة) فى التعامل مع الأحداث الطائفية جعل البلاد أرضا خصبة لهذه الممارسات». قطب قال فى تصريحات ل«الشروق» إن هذه الأحداث الأخيرة «ليست تداعيات ما بعد الثورة، بقدر ما هى تجليات لما أصاب المؤسسة الدينية الإسلامية فأصبحت عاجزة، وما تراكم بالمؤسسة المسيحية فأصبحت متجاوزة»، مشيرا إلى أن «عجز المؤسسة الإسلامية أفقدها المصداقية وصرف عنها ثقة الأغلبية لما أصابها من تمزق وما يصدر عنها من قصور فاضح على حد قوله، وبالنسبة للمؤسسة المسيحية فقد تجاوزت وظيفتها ودورها ومارست عصبية غير مبررة وممارسة سياسية ليست من حقها». مضيفا «لابد للدولة حتى يستقيم المناخ من تغيير هذه الأوضاع تغييرا كاملا، حتى لا يتباكى الناس على اللبن المسكوب». ووصف قطب مبادرة بيت العائلة التى أعلن عنها وتبناها شيخ الأزهر أحمد الطيب بالتعاون مع القيادات الكنسية فى مصر بعد أحداث القديسين بالإسكندرية، بأنها «ممارسات بدوية قبلية لا تمت للفقه ولا للحضارة ولا للدولة المدنية بصلة، وهى كلام يعتبر رجع صدى فى ممارسات أشرفت بالبلاد على حد الهلاك». وعن المسئولية الأمنية قال قطب: «الدول المتحضرة لا تحمل الجهاز الأمنى مسئولية هذه الأحداث وحده، إنها مسئولية دستور ودولة ومجتمع ومسئولية مؤسسات دعوية وسلمية وإعلامية قبل أن تكون مسئولية أمنية. وأكد قطب أن الحل السريع والفورى هو «تجديد المؤسسة الدينية فورا، بمعنى تغيير قياداتها ومؤسستها وفقهها وتمكينها من دورها كمؤسسة دولة تزرع العقل وتحرص على الفكر وتمنع التعصب والظلم». وقال عضو مجمع البحوث الإسلامية عبدالمعطى بيومى إنه «لا تعليق على الأحداث الأخيرة غير الدعوة لتطبيق القانون بكل الحزم»، مشيرا إلى أنه نتيجة للتهاون فى تطبيق القانون لسنوات طويلة «ظن المتجرئون على القانون أن مصر لم تتغير وبالتالى انتهزوا الحرية المتاحة لممارسة أعمالهم البغيضة»، مؤكدا أن الحل هو «الحسم والحزم فى تطبيق القانون». ورفض بيومى أن يكون سبب انتشار المظاهر الطائفية صعود التيارات الدينية بعد الثورة، مشيرا إلى أن هذه الممارسات «كانت قبل الثورة، وقبل ظهور هذه التيارات»، موضحا: «المسألة لا تعود للسلفية قبل أن تكون الحركات الاستفزازية الجريئة على القانون، مثل الاعتداء على كنيسة القديسين، وما نعول عليه هو تطبيق القانون ويجب على الجهات الرسمية المختصة دراسة أسباب الاعتداءات وعقاب كل معتدٍ بما يستحق»، رافضا ان تكون مسألة الخطاب الدينى «عاملا رئيسيا»، وقال: «هناك ما يشبه المؤامرة، والخطاب الدينى المستنير لن يمنع محاولات لإثارة الفتن».