تقدمت حركة 9 مارس بمذكرة إلى المجلس الأعلى للقوات المسلحة، طالبت فيها بضرورة استقلال الجامعات المصرية، وعدم تدخل الشرطة العسكرية في الجامعات، وسحب كل القوات التابعة لها من داخل الجامعات، ومنع تدخل أية جهة غير أكاديمية في الشؤون الجامعية، وذلك احترامًا للقانون وللأعراف الأكاديمية وللجامعة. وجاء بالمذكرة أن أعضاء هيئة التدريس بالجامعات المصرية بحركة 9 مارس تابعوا أنباء تدخل الشرطة العسكرية وتواجدها داخل الحرم الجامعي لجامعة المنيا بشكل دائم، لحراسة مكتب رئيس الجامعة، وداخل الحرم الجامعي لجامعة الزقازيق، وكذلك الحرم الجامعي لجامعة قناة السويس، وكذلك ما قامت به وحدات الشرطة العسكرية من الدخول للحرم الجامعي أكثر من مرة في جامعة القاهرة، آخرها عند فض اعتصام الطلاب في كلية الإعلام. واعتبر أساتذة الجامعة بالحركة هذه التدخلات تمثل سوابق خطيرة، لا يمكن السماح بها، ويجب وقفها فورًا وضمان عدم تكرارها تحت أي ظرف، وذلك للحفاظ على الحرية الأكاديمية واستقلالية مؤسسات التعليم العالي، والذي يعد أحد بنود العهد الدولي للحقوق الاجتماعية والاقتصادية والثقافية الذي وقَّعت عليه مصر.