«الأب الذى يزوج ابنته القاصر لرجل فى عمر جدها يعتبر فاسقا، وتسقط ولايته على أبنائه»، فتوى أطلقها الشيخ على جمعة، مفتى الجمهورية، وأثارت جدلا واسعا.. لكنها لم تكن الأكثر إثارة للجدل فى عام 2010، فقد كانت هناك فتوى زكاة الأطباء، واستخدام صمام القلب من أنسجة الخنازير. النيابة العامة ممثلة فى نيابة جنوبالجيزة، كانت قد طلبت رأى المفتى فى قضية تزويج القاصرات، وأوضح الشيخ فى رده أنه لابد من عقاب الأب والأم والوسيط والمحامى والزوج فى مثل هذه الحالات، ووصف هذا النمط من الزواج بأنه «باطل شرعا وقانونا». فتوى زكاة الأطباء، جاءت ردا على تصريحات لحمدى السيد، نقيب الأطباء، حول استحقاق الأطباء للزكاة بعد رفض الدولة منحهم الكادر الخاص وحصوله على فتوى من الدكتور على جمعة مفتى الجمهورية بأحقية الأطباء فى الحصول على الزكاة باعتبارهم من الفقراء، ردود أفعال وجدل واسعان بين رجال الدين، والمفكرين والأطباء أنفسهم. وأبدى على جمعة استياءه من إخراج الفتوى أو الاستشارة الشرعية من سياقها واستغلال ذلك لدعم مصالح خاصة، وأوضح أن الفتوى التى أثيرت أخيرا عمرها نحو ثلاث سنوات، وكانت بخصوص صندوق تكافلى بين الأطباء يساعد من خلاله أغنياء الأطباء المحتاجين منهم. فتوى أخرى أثارت جدلا، كانت حول جواز الحج بدون تصريح، دار الإفتاء المصرية أكدت أن استخراج البعض تأشيرات عمل كوسيلة للتحايل على السلطات لأداء مناسك الحج والعمرة، يعد تحايلا على الدين، ولكنها أفتت بأن الحج صحيح لكن مع وقوع صاحبه فى الإثم. وفى الوقت نفسه، اعتبر المفتى هروب المعتمرين وتخلفهم عن موعد عودتهم إلى ديارهم وبقائهم بالأراضى السعودية حتى موسم الحج حرام شرعا، وقال فى بيان أصدره ردا على سؤال لغرفة الشركات السياحية عن رأى الدين فى عمليات تخلفات وهروب المعتمرين خلال الأيام الماضية أن كل متخلف يعد ساعيا لإحداث الضرر لضيوف الرحمن ومشاركا فى إيذائهم. كما أوردت بعض الصحف أن المفتى أجاز استخدام صمام للقلب من أنسجة الخنزير فى عمليات القلب المفتوح، إلا أن دار الإفتاء عادت وأكدت أن الخنزير حرام أكله وتداوله؛ ولكن إذا كانت المادة قد تحولت طبيعتُها ومكوناتُها الخنزيرية إلى مادة أخرى استحالت إليها وأصبحت مادة جلاتينية أو إسفنجية جديدة لا تسمى خنزيرا ولا يصدق عليها أنها بهيئتها ومكوناتها التى تحولت إليها جزء من الخنزير، فإنه لا مانع شرعا من استيرادها واستخدامها والتعامل فيها والتداوى بها، وأما إذا كانت لاتزال من الناحية الطبيعية يطلق عليها أنها مكوّن من مكونات الخنزير، فلا يجوز استيرادها ولا استعمالها حينئذ إلا فى حالة الضرورة.