أعرب البابا شنودة الثالث، بطريرك الكنيسة الأرثوذكسية، عن أسفه الشديد لأي جرح لشعور المسلمين، وقال: "أنا آسف جدًّا لأن يحدث جرح لشعور إخواننا المسلمين.. نحن مستعدون لترضيتهم بأي طريقة لأن علاقتنا مع المسلمين علاقة طيبة وقوية". الحوار العقائدي خط أحمر وأكد البابا، في حوار تلفزيوني مع الإعلامي عبد اللطيف المناوي بثه التلفزيون المصري، أنه يعتبر الحوار حول الأمور العقائدية خطا أحمر لا يجوز تجاوزه؛ تعليقا على تصريحات سابقة أدلى بها الأنبا بيشوى ونشرتها الصحف تتعلق بآرائه في عدد من آيات القرآن. كلنا ضيوف على أرض الله وشكك البابا في صحة تصريحات الأنبا بيشوى للصحف، وقال: "حكاية ضيوف أنا أشك فيها .. ليس كل ما ينشر في الصحف نصدقه، وربما كانت كلمة بغير قصد". وتابع: "نحن في أرض يملكها الله، ونحن ضيوف على الله في أرضه". كان الأنبا بيشوى قال في تصريحات صحفية سابقة إن المسلمين ضيوف على الأقباط، وهو ما أثار ردود فعل غاضبة انتقدت تصريحات رجل الدين المسيحي. التصريحات غريبة على بيشوى وقال البابا: "بيشوى شخص ذكي، والمفروض أن يراعي رد الفعل لأي كلمة يقولها، وإثارة مثل هذا الموضوع أمر غير لائق.. وأتمنى أن تكون تصريحاته كتبت بطريقة صحفية مش مظبوطة"، وأضاف: "هذه التصريحات غريبة على لغة بيشوي، فهو اعتاد الدفاع عن الجو الإسلامي والقضية الفلسطينية". الدخول في الخلافات الدينية "مش أصول" وانتقد البابا شنودة الثالث تصريحات الأنبا بيشوى في مؤتمر تثبيت العقيدة حول بعض آيات القرآن الكريم، قائلا: "مش أصول أن نتدخل في مفهومها (الآيات).. ليس من الأصول الدخول في الخلافات الدينية والحوار الديني يكون في المساحات المشتركة، ومن أجل خير البلد". وأكد أنه لم يلتق الأنبا بيشوى منذ حوالي 5 أو 6 أيام، ولم يتطرق معه إلى موضوع التصريحات لأنه لم يكن يعلم به، وقال: "لو كنت أعرف كنت أخليهم يوقفوها من الأول". لم نتحاور مع العوا في يوم من الأيام وحول الانتقادات التى وجهها الدكتور محمد سليم العوا للكنيسة، رغم أنه كان أحد المشاركين في مؤتمرات حوار الأديان، قال شنودة نافيا: "لم يحدث أنه أقام حوارا معنا في يوم من الأيام". وكان العوا قد انتقد الكنيسة في حوار تلفزيوني متهما إياها بتخزين أسلحة داخل الكنائس. المتظاهرون وجهوا شتائم لي شخصيا وتحدث البابا شنودة عن المظاهرات التى شهدتها القاهرة والإسكندرية، وتضمنت شتائم تؤذي شعور كل مسيحي على، حسب تعبيره، وقال: "الشتائم وجهت لي أنا شخصيا بطرق تثير المسيحيين باعتباري أباهم، بينما لم تحدث أي مظاهرات من جانبنا". ثم استدرك قائلا: "حدثت مطالبة من جانبنا لكن بدون شتائم أو عنف". كاميليا لم تسلم إطلاقا وأكد البابا أن الأزمة بدأت مع مشكلة السيدة كاميليا شحاته لأنهم "اعتقدوا أنها أسلمت وأُخذت منهم، لكنها لم تسلم إطلاقا إطلاقا". وتابع: "لقد ظهرت في فيديو نفت فيه اعتناقها للإسلام، لكن الجانب الأخر أصر على فكرته"، وتساءل البابا: "هل سيدة معينة ممكن أن تؤدي إلى خلاف على مستوى البلد كله؟". وأوضح: "لا ينقص ولا يزيد (إيمان سيدة بدين معين)، لكن المسألة تطورت من مسألة فرد إلى هياج كبير استخدمت فيه شتائم وكلام صعب إلى أبعد الحدود". وقال: "لم نفعل أي شئ عندما أسلمت فتاة من القنطرة شرق وفتاة أخرى من كفر صقر، لكن الجانب الآخر لديه حساسية". حساب رجال الدين داخل الكنيسة وردًّا على سؤال عن محاسبة رجال الدين المسلمين والمسيحيين طبقا للقانون، أكد البابا أنه إذا كان خطأ رجل الدين في حق الدولة، فعليها أن تحاسبه، لكن إذا كان الخطأ من داخل البيت؛ يكون عقابه داخل البيت، في إشارة إلى أتباع الكنيسة الأرثوذكسية لإجراءات تأديبية بحق رجال دين مسيحيين ارتكبوا "أخطاء شديدة" على حد تعبير البابا. محاكمة للجميع وحول إمكانية محاسبة رجال الدين الذين يتسببون في الأضرار بالوحدة الوطنية من خلال بلاغات كاذبة، قال: "في هذه الحالة يحاكم الكل.. المتظاهرين والمحرضين والمسيئين.. ح يكونوا آلاف في المحاكمة، وهذا أمر ليس بالسهل". وانتقد البابا شنودة ما اعتبره "تباطؤا" في إصدار حكم قصية نجع حمادي، مؤكدا أنه طبقا لأقوال رجال المباحث، فإن المتهم مسجل خطر، والرصاص الذي أصاب وقتل مسيحيين ومسلما أمام مطرانية نجع حمادي في العيد مطابق لرصاص بندقية المتهم، ورغم ذلك لم يصدر حكم عليه حتى الآن. وقال: "القضاء يؤجل القضية، لكن هذا التأجيل يترك أثره في الناس". وتساءل البابا عن أسباب التشكيك في تسجيل كاميليا شحاتة، في حين لم يشكك المسيحيون في التسجيلات التى تظهر فيها فتيات مسيحيات يعلن إسلامهن". دولة داخل الدولة ولفت البابا إلى "تهم اعتاد الأقباط سماعها" مثل أنها (الكنيسة) دولة داخل الدولة، في حين أنه لا وجود لنا (المسيحيين) في كثير من منظمات الدولة أو النقابات أو البرلمان. بينما يدور الاتهام الأخر حول الاستقواء بالخارج، وقال: "هل نحن استقوينا بدول أو حكومات.. الدولة لديها أجهزتها التى تقدر ملاحظة مَن يستقوي بالخارج".