أكد الرئيس اليمني عبد ربه منصور هادي أن نشاط تنظيم "القاعدة" في اليمن بدأ في الانحسار مؤكدا أن عناصر التنظيم فضلوا الهجرة إلى دول مثل سوريا ومصر وليبيا والمغرب العربي حيث تعيش هذه الدول اضطرابات.. يأتي هذا على الرغم من أن البعض ينفي أي وجود لتنظيم القاعدة في مصر... وقال الدكتور عبد الرحيم علي، رئيس المركز العربي للبحوث والدراسات والمتخصص في الإسلام السياسي: القاعدة موجودة في مصر منذ 2003، وتمارس القاعدة النشاط الإرهابي في مصر منذ 2003، ومن خلال أخطر أجنحتها ”التوحيد والجهاد“,” بقيادة طبيب الأسنان خالد مساعد، والذي نفذ عملية طابا في 2004، وشرم الشيخ في يوليو 2005، ودهب في 2006، ثم تواصلت العمليات مع الجيش الإسلامي في غزة بقيادة ممتاز دغمش بعد معركتها الشرسة في سيناء مع أجهزة الأمن المصرية، وبعد الهروب الكبير لقياداتها من السجون المصرية في أحداث الانفلات الأمني في ثورة يناير؛ حيث خرج كل قادة القاعدة لينشئوا معسكرات للتدريب في سيناء وعلى الحدود مع ليبيا بقيادة ثروت صلاح شحاتة الساعد الأيمن لتنظيم القاعدة أيمن الظواهري، والذي حاول تأسيس فرع لتنظيم القاعدة في مصر، حيث إنه عقب وصول الرئيس المعزول مرسي للحكم ظهر الظواهري بشكل واضح بعد تدخل المهندس خيرت الشاطر نائب المرشد، وذلك من خلال تبنيه معسكرات تدريب في سيناء مرسخًا لفكرة تطبيق الشريعة كاملة في أنصاره حتى وإن لم يحققها مرسي في تلك الفترة.
وقد قال نبيل نعيم، مؤسس تنظيم الجهاد فى مصر، إن جماعة «أنصار بيت المقدس» ما هى إلا ذراع لتنظيم القاعدة الإرهابى فى مصر، وإن تنظيم الإخوان، المحظور على علاقة وطيدة بالتنظيمات المسلحة، فى سيناء، وليس بعيداً عن العمليات الإرهابية والاغتيالات التى تجرى فى سيناء والقاهرة، وإن تصريحات محمد البلتاجى، القيادى الإخوانى، خلال اعتصامه فى رابعة، عن أن العنف فى سيناء سيتوقف بمجرد عودة الرئيس المعزول، تؤكد علاقة الإخوان بما يحدث على أرض مصر من إرهاب
وأكد سمير غطاس "رئيس منتدى الشرق الأوسط للدراسات الإستراتيجية": أنه في عهد المعزول "محمد مرسي" تم العفو عن كل القتلى و الإرهابيين السابقين، ومنهم من يخطط العمليات الإرهابية التي تحدث في مصر الآن ويديرها من ليبيا، وأخطرهم شخص يدعي ثروت صالح أمي القاعدة بليبيا الذي نصبه أيمن الظواهري "زعيم تنظيم القاعدة". وأضاف غطاس أنه في عهد "مرسي" كبل يد الجيش في عمليات غلق الأنفاق، والعملية نسر لتطهير سيناء؛ مما ساعد على دخول المثير من العناصر لسيناء، حيث كان هناك 1000عنصر إخواني يتم تدريبهم علي القتال في السودان. وتابع غطاس قائلا :" في الموجة الإرهابية الأولى نجحت قوات الأمن وكلما نجحت أجهزة الأمن كلما تطور الإرهاب، والتطور الجديد كان بعد اجتماع التنظيم الدولي للإخوان في" 25/9"، و تم التنسيق علي أن يتم الاعتماد علي القاعدة كذراع عسكري للإخوان في مصر".مشيرا أن القاعدة تعمل في مصر بالنيابة عن الإخوان وجماعة أنصار بيت المقدس هي ممثل القاعدة في مصر.