كشفت موازنة هيئة السكك الحديدية للعام المالي الحالي 2008 2009 عن وجود عجز في ميزانية الهيئة يقدر ب 6.1 مليار جنيه وكشفت الموازنة ان الايرادات المتوقعة للهيئة لهذا العام سوف تنخفض ب 4.1 مليار جنيه عن العام الماضي رغم ارتفاع اسعار تذاكر القطارات للدرجة الاولي والثانية ويشير تقرير موازنة الهيئة إلي ان الايرادات المتوقعة سوف تصل ل 6.7 مليار جنيه، ومن المخطط كما جاء في مشروع الموازنة ان ينفق هذا العام نحو 6 مليارات جنيه منها 45% فقط من التمويل الذاتي ونحو 5.2 مليار من الخزانة العامة للدولة و2.4% قروضا من بنك الاستثمار القومي و7.3% قروضا خارجية و 9.1% من ارصدة الدائنين. ويقول عبدالفتاح الجبالي الباحث بمركز الاهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية من خلال الدراسة التي اعدها تحت عنوان الموازنة العامة والمواطن المصري ان الهيئة القومية للسكك الحديدية من اكبر الهيئات التي يرتبط نشاطها بالمستهلك وتحقق خسائر من التشغيل وربما تظهر هذه الخسائر بوضوح في سوء الخدمة المقدمة للمواطنين علي الرغم من انه بدأ يظهر تحسن نسبي في اداء الهيئة انعكس في انخفاض صافي قيمة العجز.