رفض المعهد الديمقراطي المصري ما وصفه "بمحاكم التفتيش الجديدة" التي يدعو لها نواب الإخوان المسلمين في البرلمان عبر طلب الإحاطة الذي تقدم به نائب الجماعة يتهم فيه المعهد ثلاث منظمات حقوقية أخري والمجلس القومي لحقوق الإنسان باختراق مناهج التعليم في مصر من خلال مشروع "المدارس الديمقراطية" تنفيذا لأجندة ومخطط أمريكي وبالتعاون مع هيئة المعونة الأمريكية. واتهمه المعهد الديمقراطي بتقديم طلب إحاطة حول موضوع لا يعرف عنه شيئا، معتمدا علي معلومات غير صحيحة حسب وصف المعهد وقال بيان للمعهد إن النائب الإخواني اختلق أقوالا عارية تماما من الصحة ولا تمت للموضوع بصلة مدعيا أن المشروع يعمل علي اختراق مناهج التعليم بتمويل أمريكي لينفذ في محافظتي الإسكندرية والمنيا في حين أن المشروع لا علاقة له من قريب أو بعيد بمناهج التعليم ويقوم علي تدريب طلبة المدارس علي الممارسة الديمقراطية وأهمية الانتخابات كوسيلة وحيدة وآمنة للتغيير كما يدربهم علي فكرة قبول الآخر والتداول السلمي للسلطة والمشاركة في الشأن العام، وقال المعهد أيضا إن المعونة الأمريكية ليس لها أي علاقة بالمشروع وأن تمويل المشروع تبرع به المجلس القومي لحقوق الإنسان وليس أي جهة أجنبية لا المعونة ولا غيرها، ولفت أيضا إلي تنفيذ المشروع في محافظتي الجيزة والقاهرة وبإشراف تام لوزارة التربية والتعليم