استعجلت نيابة الوراق برئاسة المستشار باهر حسن، تقارير اللجنة الفنية الهندسية المشكلة لفحص المركب المنكوب، وأيضًا الصندل، وبيان ما بهما من تلفيات، وتقدير الخسائر بهما، بالإضافة إلى الوقوف على مدى سلامة خط سيرهما، وتوافر الاشتراطات الفنية لهما للسير من عدمه. وأفادت تحقيقات النيابة بأن الصندل المتسبب في الحادث تابع للشركة الوطنية للملاحة والنقل، وطلبت النيابة الاستعلام من هيئة النقل البحري عن الجهة المالكة له، حيث كان يسير وقت الحادث في طريق عودته من منطقة المناشى، بعد تفريغ حمولة «زهر» حديد. واتخذت النيابة قرارًا، بتعيين حراسات أمنية مشددة على المركب «المنكوب»، والصندل النهرى، بعد نجاح فرق الإنقاذ النهرى من انتشالهما، ونقلهما إلى مرسى «قصر النبى» بمنطقة مصر القديمة، خشية انتقام الأهالي. وأكدت التحقيقات بإشراف المستشار أحمد البقلي، المحامى العام الأول لنيابات شمال الجيزة، أن البحث مازال جاريا عن سائق المركب لبيان ماذا كان غرق مع الضحايا او هرب عقب الحادث. وصرحت النيابة بحسب التحقيقات، بدفن جثامين 36 شخصًا وتبين ان بينها 20 طفلا. وتبين من خلال التحقيقات أن 5 أشخاص هم الناجون من الموت، من بينهم 3 أطفال، أعمارهم أقل من 3 سنوات، ولا يمكن استجوابهم، وسيدة تُدعى شيرين جمال محمد، محتجزة بمستشفى معهد ناصر، ولا يمكن استجوابها، بعد إصابتها بحالة انهيار عصبي لوفقدانها (9) من أسرتها في الحادث، بينما تمكنت النيابة من سماع أقوال ناجٍ واحد، وهو شاب في أوائل العشرينات من عمره، فأكد أنه تمكن من السباحة، والعبور إلى بر الشاطئ الآخر، وأدان في أقواله سائق المركب النيلي، بعد إعطاء سائق الصندل له عدة تنبيهات صوتية ب «صفارات»، وإشارات ضوئية، لكنه لم يلتفت إليها جميعًا، بل وحاول الدوران من أمام الصندل، وقطع الطريق عليه، فاصطدم به، وغرقت المركب، على مسافة تبعد قرابة 150 متراً من شاطئ النيل، وكانت المنطقة شديد الظلام. وبحسب التحقيقات، فإنه لم يتم استجواب أحد من أهالى الضحايا، منذ الحادث، لسوء حالتهم النفسية، واستمرار انتشال ، كما تبين أن ذوى الغارقين لم يحرروا محضرًا بقسم شرطة الوراق، ولم يتهموا أحدًا من المسئولين، والشرطة التي حررت المحضر بمعرفتها فور انقلاب المركب النيلى، وعرضت صورًا للجثث المنتشلة بمستشفى معهد ناصر وإمبابة العام، على الأهالى الذين تعرفوا عليهم. وتبين من معاينة رجال النيابة ان المركب المتسبب فى الحادث متهالك وقديم ولا يستطيع العمل بشكل جيد وآمن، بالإضافة إلى أن عدم توافر وسائل الأمان والإنقاذ بالمركب. كما أشارت التحقيقات الى عدم وجود وسائل اتصال حديثة وضعف أدوات التنبيه، والتى تمكنهم من التواصل خلال إبحارهم بمجرى النيل، خاصة فى ظل الظلام الدامس، مشيراً إلى ان ارتفاع مكبرات الصوت داخل المركب بشكل هستيرى منع أى نوع من التواصل مع أى مركب أخر.