وقف البابا كيرلس الخامس في وجه الاحتلال وساند عرابي وسعد زغلول وحينما أراد أن ينهض بكنيسته من خلال الاكليريكية والمدارس والتربية الكنسية التي انشئت في عهده. اصطدم به بعض رجال الكهنوت وأعضاء المجلس الملي. فدسوا بينه وبين الخديو توفيق في أواخر القرن التاسع عشر فأمر بعزله في ديره البرموس وهنا ثار الشعب القبطي وبقي علي ولائه للشرعية الكنسية ورفض الصلاة في الكنائس التي يصلي فيها الكهنة والأسقف المحرومون وكانوا يعبرون النهار للصلاة في كنائس الجيزة بدلا من القاهرة حتي قام المخلصون من الاكليروس والاراخنة بحل الأزمة وعاد بعدها البطريرك بكل كرامة إلي مقره ليعفوا عن كل الذين خالفوا القانون الكنسي وأعلنوا توبتهم. لكن الأزمة لم تلبث ان عادت من جديد حينما حاول البابا تعديل بنود لائحة المجلس الملي لكي تتوافق مع روح الخدمة الكنسية فما كان من بطرس غالي "الجد ورئيس الوزراء آنذاك" ان رد عليه قائلا: ولو تغير الإنجيل لن أغير لائحة المجلس الملي. فلم يجد البابا ازاء هذا التصرف الغريب عن الروح المسيحية إلا ان أعلن له عدم ترحيبه برؤيته مرة أخري نظرا لما صدر منه من استهزاء بالكتاب المقدس وفي نفس اليوم تم اغتيال بطرس غالي الجد لأسباب سياسية "بالأخص مواقفه في السودان" ولم ير البابا وجهه مرة أخري!!
