حين وقع حادث قطار العياط، صرخت لميس الحديدي في الرئيس محمد مرسي ومعاونيه: "تقيلة عليك الشيلة متشلش". إلا أن تلك الصرخة لم تتكر رغم تكرار حوادث القطارات، وغير وأعاد حادث قطار البدرشين، الذى نتج عنه إصابة 55 راكبا، كانوا بين الحياة والموت، فتح ملف الفساد فى قطاع النقل وتحديداها، منذ قدوم الانقلاب العسكري وحتى الآن؛ حيث تظهر التبريرات بدون حدود لفشل العسكر في إدارة شؤون مصر. وأعاد ناشطون على مواقع التواصل الاجتماعي نشر فيديو يظهر فيه وزير النقل، متحدثًا أمام المنقلب السيسي عن مشروع لتطوير درجة أمان شبكة القطارات ومنع تجنب الحوادث الناجمة عن الأخطاء البشرية، قبل أن يقاطعه "السيسي" بسبب تكلفة المشروع.
وزير نقل الانقلاب أوضح وقتها، في مايو 2017، أن المشروع يهدف إلى "كهربة" شبكة السكك الحديدية، وتحويلها إلى نظام إلكتروني ذاتي يمكنه إرسال إشارات إلى القطارات الأخرى في حالة توقف أو حدوث خلل لأحد القطارات، حتى يمكن تجنب وقوع حوادث التصادم. وأوضح أنَّ تكلفة هذا المشروع الذي سيرفع درجة الأمان ويجعل تجنب الحوادث غير مرتبط بالعنصر البشري، تصل إلى 10 مليارات جنيه مصري. ووصف الوزير هذه الفكرة بأنها تعطي "أمانًا رهيبًا" لشبكة القطارات في مصر. وتابع قائلًا: "ال 10 مليارات هذه لو وضعتها في أحد البنوك بنسبة فائدة 10% لحصلت على مليار جنيه قيمة أرباح، ولو كانت الفائدة 20% لحصلت على 2 مليار جنيه". حينها انتقد السيسي شكاوى الناس من عدم قدرتهم على تحمل أسعار التذاكر عندما يتم رفع قيمتها، متسائلاً عن كيفية تمكن الدولة من تطوير الخدمة إذا كان الناس لا تريد الدفع مقابلها بما يكافيء المصاريف. وقال السيسي إنّه إذا كان المواطن يشتكي ويقول: إنه "غلبان غير قادر" على الدفع، فإنه كدولة وحكومة أيضًا "غلبان وغير قادر". فساد للركب فى الإطار ذاته، كان علاء والي، عضو نواب العسكر، تقدم ببيان عاجل إلى هشام عرفات، وزير النقل بحكومة الانقلاب، بشأن إهدار ملايين الجنيهات بالهيئة القومية للسكك الحديد تحت بند الحوافز والمكافآت بالإدارة المالية، في الوقت الذي يحتاج فيه قطاع السكك الحديد إلى المليارات لتطويره وتحسين الخدمة لتفادى تكرار الحوادث، وحتى يشعر المواطنون بخدمة متميزة داخل هذا القطاع العريق. وطالب البرلمانى الانقلابي، وزير النقل بالرد بشأن هذه الواقعة التي تسببت في إهدار ملايين الجنيهات تحت بند الحوافز والمكافآت التشجيعية للعاملين بالإدارة المالية وخاصة نائب رئيس هيئة السكك الحديد الذي يتحصل على 68 ألف جنيه، في حين أن أساسي الراتب المجرد له 275 جنيهًا، بالإضافة لحصول موظف بالدرجة الثالثة على حوافز 10 آلاف جنيه، وموظف آخر على 9.486 آلاف جنيه تحت بند الحوافز والمكافآت، في حين أن زملاءهم الموظفين لا يحصلون ولا يتقاضون 5% من هذه المكافآت. الفساد يحصد أرواح الغلابة وكانت دراسة أجرتها الدكتورة منى صبحي نور الدين، الأستاذ بجامعة الأزهر، مؤخرا، كشفت عن الأسباب الحقيقية وراء تكرار حوادث القطارات في مصر، وهي الحوادث التي تحصد مئات الأرواح من الأبرياء الذين يستقلون القطارات بشكل يومي للتنقل بين المحافظات المختلفة بسبب الفساد الإداري الذي نجم عنه صفقة الجرارات وتسببت في حوادث وإتلاف القضبان، كما أكدت الدراسة كثرة الأعطال الفنية التي تصيب القطارات وعدم صيانتها. وأضافت الدراسة أن أغلب عربات القطار متهالكة ولا سيما عربات الدرجة الثالثة فمن بين العربات 3400 عربة يوجد 1848 عربة بنسبة 54 % يتراوح عمرها بين 20 إلى 40 عاما، ونحو 805 عربات بنسبة 24% يتراوح عمرها بين 10 إلى 20 عاما وانتشار العيوب الفنية بالقضبان، وهذا يتطلب التفتيش الدورى من قبل الهيئة والمحليات على الخطوط لتجنب حالات الحوادث المستمرة، وكذلك السرقة المستمرة لكابلات القطارات الذى يزيد سعره على 50 ألف جنيه، وهو ما يساعد فى تفاقم مشكلة تعطل الجرارات. 722 حادثًا في عام واحد الباحث عبد الرحمن إدريس كشف الجانب الأسود للفساد، وفقا لتقارير حكومية فإنَّ حوادث القطارات زادت وتضعافت في عهد المنقلب "عبد الفتاح السسي"حيث زادت حدة الإهمال في عهد السيسي بشكل كبير. وفي عام 2016 أي بعد عامين من انقلاب السيسي، كشف رئيس مجلس إدارة هيئة سكك حديد مصر، مدحت شوشة، أنَّ الهيئة تعرضت، خلال عام 2016، إلى 722 حالة اقتحام للمركبات على المزلقانات المغلقة ومن الأماكن غير المخصصة للعبور واصطدامها بالقطارات على مستوى مناطق البلاد، نتج عنها تعطيل للقطارات وتأخيرها وتكبُّد الهيئة خسائر فادحة. وأكدت الهيئة في بيان، أن "تلك الحالات ترجع إلى السلوك الخاطئ للمارة وقائدي المركبات وعدم اتباعهم قواعد المرور على المزلقانات ومخالفة القانون رقم 277 لسنة 1959 في شأن نظام السفر بالسكك الحديدية وتعديلاته". وصرّح رئيس مجلس إدارة الهيئة القومية لسكك حديد مصر، أن "الهيئة لا تدخر جهدًا للحدّ من تلك الظاهرة؛ حيث يتم التنسيق مع شرطة النقل والمواصلات في تعزيز تواجد أفراد الشرطة المدنية على المزلقانات لضبط حركة مسير المركبات وفي تغليظ العقوبة على المخالفين، وهناك تنسيق مستمر مع المحافظات والمحليات لإغلاق المعابر غير القانونية الواقعة داخل نطاقها، وكذلك تكليف جهات التفتيش بالهيئة بتكثيف المرور على المزلقانات لمتابعة سير العمل".
أبرز الحوادث في عهد السيسي 6 مارس 2015: وقع حادث تصادم قطار السويس بأتوبيس مدرسة بالكيلو 38 طريق "القاهرة – الإسماعلية" بالقرب من البوابة الأولى لمدينة الشروق، أثناء مرور الأتوبيس من المزلقان، وقدر عدد الضحايا الناتج عن الحادث ب 7 حالات وفاة منهم 3 أطفال وإصابة 26 آخرين. منتصف 2015: وقع حادث قطار بني سويف والذي أدَّى لإصابة 71 شخصًا. 31 يناير 2016: اصطدم قطار 987 القادم من العياط بسيارة ربع نقل كانت تقل عمال وتسبب فى وقوع 7 وفيات و3 مصابين. 11 فبراير 2016: انقلب قطار بمزلقان الشناوية، فى مركز ناصر بمحافظة بنى سويف، وأصيب 71 شخصًا في الحادث. 11 أغسطس 2017: اصطدام قطار رقم 13 إكسبريس (القاهرة- الإسكندرية) بمؤخرة قطار رقم 571 (بورسعيد- الإسكندرية) بالقرب من محطة خورشيد على خط (القاهرة- الإسكندرية)، ما أسفر عن مقتل 41 شخصًا وإصابة 132 مصابًا. 31 أغسطس 2017: تصادم بين قطار مطروح بسيارة ملاكي بالإسكندرية أثناء محاولة اجتيازها مزلقان الحضرة الجديدة، مما أودى بحياة سائق السيارة الملاكي وإصابة اثنين آخرين، وذلك كما ذكرت جريدة الوفد. 1 نوفمبر 2017: خروج جرار أحد القطارات عن السكة الحديد بقليوب، ولكن لم توجد أي إصابات أو خسائر في الأرواح جراء ذلك الحادث. 25 نوفمبر 2017: أدَّى تصادم قطار بسيارة نقل، بقرية القواسيم بالقرب من قرية الكراكات، التابعة بمركز بيلا في محافظة كفر الشيخ، إلى إصابة 3 أشخاص الذين كانوا يستقلون سيارة النقل، بإصابات خطيرة. كما شهد عام 2018 سلسلة من الحوادث البشعة نرصدا منها ما يلي: حادث البدرشين سقوط ثلاث عربات من قطار 986 مكيف القاهرةقنا، بحوش محطة المرازيق خط القاهرة السد العالى، تسبب فى إصابة 55 راكا وفق تقرير ادر من وزارة الصحة. حادث أسوان وفي منتصف يونيو الماضي، خرجت عجلات إحدى عربات قطار ركاب رقم 988 أثناء دخوله محطة مصر برمسيس للقيام برحلته إلى أسوان، مما أحدث حالة ارتباك في حركة القطارات الخارجة والداخلة للمحطة. حادث قليوب بينما في العاشر من أبريل الماضي، اندلع حريق في عربتين بقطار على خط "القاهرة – الإسكندرية"، أمام مزلقان سنديون بمدينة قليوب في محافظة القليوبية، ما أسفر عنه من توقف حركة القطارات. حادث البحيرة وفي الثامن والعشرين من فبراير الماضي، شهدت محافظة البحيرة حادثا مأساويا ، بعد اصطدام القطارين رقم 691، 694 ركاب بخط المناشي في محطة الطيرية التابعة لمركز كوم حمادة بمحافظة البحيرة، بقطار بضائع؛ الأمر الذي أسفر عن مصرع 19 شخصا وإصابة العشرات الركاب.