رفض الدكتور المعتز بالله عبد الفتاح، أستاذ العلوم السياسية، اتهامات الناشط السياسي علاء عبد الفتاح له بأنه ساعد على إقرار محاكمات للمدنيين أمام المحاكم العسكرية، في الدستور. ووجه المعتز بالله رسالة لعبد الفتاح قال فيها: "إن دستور بيت الحكمة الذي شاركت في كتابته قبل الجمعية التأسيسية الأولى يوجد فيه نص أنه لا يجوز محاكمة المدنيين أمام المحاكم العسكرية على الإطلاق"، مشيرًا إلى أن هذا كان موقفه الشخصي وموقف كثيرين من أعضاء الجمعية التأسيسية ممن تعرضوا هم شخصيا لمحاكمات عسكرية وقضوا بسببها فترات في السجن أثناء المناقشات وحتى الجلسة قبل الأخيرة للجمعية التأسيسية حين عرض ممثلا الجيش الكثير من المشاكل التي تواجههم في مناطق الحدود التي يعتبرونها مناطق حرب حتى الآن لأن العقيدة العسكرية المصرية تعتبر أن مصر لم تزل في حالة حرب مع إسرائيل. وقال المعتز إنه من الصعب بالنسبة لهم أن يحيل العسكريون المدني الذي يهدد القوات المسلحة إلى القضاء العادي، مشيرًا إلى أن ممثلي المؤسسة العسكرية في الجمعية التأسيسية قالا حججا كثيرة ووقائع متنوعة تعود لسنوات متعددة رأى العديد من الموجودين في التأسيسية وقد أوذوا كثيرا بسبب محاكمات مبارك العسكرية غير العادلة لهم، وجدوا بعض المنطق في ما قاله ممثلا القوات المسلحة ولكن دون أن يساء استخدام المحاكمات العسكرية. وأشار عبد الفتاح إلى أن البديل كان أن يقتصر التقاضي أمام القضاء العسكري (الذي أصبح على أكثر من درجة) على الجرائم التي تمثل خطرًا على القوات المسلحة. وسيقوم القانون بتحديد هذه الجرائم على أن تكون قاصرة على ما يهدد كيان القوات المسلحة كمؤسسة وكمعدات وكأسرار وكأفراد أثناء أداء خدماتهم في وحداتهم، وليس كأفراد يتعدون على حقوق غيرهم من المدنيين بالاستناد إلى القانون العسكري مع إلغاء حق رئيس الجمهورية في تحويل المدنيين إلى المحاكم العسكرية في كل الأحوال، هذا ما فهمته من المناقشات التي كنت حاضرا فيها". وأوضح المعتز إلى أنه على مجلس النواب الجديد أن يقصر الجرائم العسكرية في أضيق حدود بما يكون موجها للخارج وليس للمواطنين المصريين المدنيين لأن هذا هو معنى المادة الدستورية كما سيكون واضحا من محاضر المناقشات حين تنشر. ورد المعتز على عبد الفتاح أنه اجتهد على المستوى الإنساني في مساعدة أناس لا يعرفهم، ولكنني واثق من أن حماسهم الوطني قد يضعهم في مواجهة مع جنودنا الذين هم من الناحية الأخرى يظنون أنهم يقومون بواجبهم، مشيرًا إلى أن الله وحده يعلم ما الذي فعله لكى يدافع عن أناس مثل علاء عبد الفتاح في محاولة المعاونة في رفع الظلم الجزئي إلى أن يرفع الظلم تماما عند صدور القانون الجديد. وقال المعتز بالله: "لا مجال للمزايدات يا أخي الكريم، وقد تحملت وسأتحمل الكثير، وإنا أو إياكم لعلى هدى أو في ضلال مبين. وربنا يغفر لحضرتك ولي أي أخطاء. أنا أظن فيك الكثير من الوطنية، حتى وإن ظننت فيّ الكثير مما تفضلت بأن قلته عني".