حسمت لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور المواد الخلافية داخل اللجنة والخاصة بفصل السلطة القضائية، حيث قامت بإرسال مقترحاتها تجاه هذا الفصل، كما هو، بحسب ما اتفق عليه أعضاء اللجنة دون النظر إلى مقترحات لجنة الصياغة التي طالبت بالبقاء على الفصل كما هو في دستور 1971. ولم تتجه لجنة "نظام الحكم"- بعد الانتهاء من فصل الأحكام العامة ومجلس الشيوخ والسلطة التنفيذية- إلى إدخال أية تعديلات على فصل السلطة القضائية وأصرّ أعضاؤها على إرساله كما هو ليتم حسم الخلاف بالتصويت داخل اللجنة العامة للجمعية التأسيسية. يأتي هذا في الوقت الذي هددت فيه هيئة النيابة الإدارية بالإضراب عن العمل، احتجاجا على تشكيل المستشار حسام الغرياني لجنة سداسية لحسم الجدل في باب السلطة القضائية وإصراره على رفض توسيع صلاحيات واختصاصات النيابة الإدارية وهيئة قضايا الدولة. من جانبه, أكد د. محمد محيى الدين مقرر لجنة الدفاع والأمن القومي المنبثقة عن لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور، انتهاء لجنة نظام الحكم من الباب الخاص بها في الدستور كاملاً بعد الانتهاء مؤخرا من مجلس الشيوخ والفترة الانتقالية وأحكام السلطة التنفيذية، مشيراً إلى إرسال الباب إلى لجنة الصياغة للانتهاء منه ومن ثم البدء في التصويت عليه. وأوضح ل"الحرية والعدالة" أن اللجنة أصرت على إرسال فصل السلطة القضائية إلى لجنة الصياغة كما تم التوافق عليه داخل اللجنة بتوسيع صلاحيات النيابة الإدارية وهيئة قضايا الدولة، دون النظر إلى التعديلات التي وضعتها لجنة الصياغة. ولفت إلى أنه سترسل مقترحات لجنة الصياغة بشأن هذا الباب منفردة كحق لهم أن يرسلوا مقترحاتهم خاصة وأنهم أعضاء في الجمعية التأسيسية، مشيرًا إلى أنه لجنة "نظام الحكم" سترسل ما استقرت عليه كاملا بخصوص فصل السلطة القضائية، ومن ثم يكون حسم الباب بالتصويت عليه في اللجنة العامة للجمعية التأسيسية. فيما أكد د. رمضان بطيخ ،أستاذ القانون الدستوري وعضو الجمعية التأسيسية، انتهاء باب نظام الحكم كاملاً، موضحاً أنه تم حسم فصل السلطة القضائية بالإصرار على ما تم التوافق عليه داخل اللجنة بتوسيع اختصاصات النيابة الإدارية. وأوضح أنه تم التوصل لذلك عقب إرسال فصل السلطة القضائية للجنة الصياغة وعودته مرة أخرى بسبب رفضها له وعرض مقترحات مخالفة لما تم الاتفاق عليه. وأشار "بطيخ" إلى أنه تم توسيع اختصاصات النيابة الإدارية بحيث تتبع النيابة الإدارية النائب العام، وتكون النيابة الإدارية هيئة قضائية مستقلة وتتولى التحقيق في المخالفات المالية والإدارية، وما يرد إليها من جرائم كسب غير مشروع أو جرائم الأموال العامة كما تتولى مباشرة الدعوة التأديبية أمام محاكم مجالس الدولة ويحدد القانون اختصاصاتها الأخرى. ووافق المستشار تيمور مصطفى كامل ، رئيس لجنة السلطة القضائية المنبثقة عن لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية، على فصل السلطة القضائية، مؤكدا تمسك لجنته بالصلاحيات الجديدة للنيابة الإدارية وهيئة قضايا الدولة ودمج الأخيرة فى باب السلطة القضائية تحت مسمى النيابة المدنية وتختص بأعمال القضايا التجارية والإدارية وتترك القضايا الجنائية للنيابة العامة.