يعاني قطاع الآثار المصرية من العديد من ملفات الفساد المتعلقة به، فلم يكد يمر يوم دون أن تنشر فيه الصحف إحدى الوقائع المتعلقة بهذا الأمر، سواء كان ذلك سرقة أو تهريبا أو إتلافا أو إهدارا للمال العام، أو متاجرة وصلت إلى حد النهب. ورغم ذلك لم نر جهازا رقابيا من الأجهزة المكدسة فى الحكومة يقوم بواجبه الذى يفرضه عليه الضمير الوطنى قبل ضميره؛ بحثا عن الحقيقة فيما تناولته الصحف من وقائع تندرج فى قائمة جرائم الفساد. ومن وقائع فساد ما يتعلق بالمتحف الكبير؛ حيث تجاهلت وزارة الآثار الكشف عن اختفاء مبلغ50 مليون دولار قُدمت كمنحة من مركز البحوث الأمريكى لتطوير المتحف، والتي لا يعلم عنها أحد، فضلا عن الآثار المصرية المهربة إلى الخارج، والتي تعد مشكلة كبيرة تهدد بضياع جزء مهم من تاريخ مصر وشواهد حضارتها. وتتضاعف المشكلة بمعرفة أن كثيرا من هذه القطع الأثرية غير مسجلة بقاعدة البيانات لدى وزارة الآثار؛ كون عملية التنقيب عنها واستخراجها تتم خلسة وبعيدا عن أعين الدولة. وتًعرض الآثار المصرية المهربة في صالات المزادات لبيعها لمن يدفع أكثر في دول مثل فرنسا وأمريكا وإسرائيل وسويسرا وألمانيا والمكسيك والبرازيل وغيرها، وتوجد أكثر من 100 صالة مزاد في العديد من عواصم العالم تخصصت في عرض الآثار المصرية المهربة للبيع. أضف إلى ذلك ما تكشفه الأرقام الرسمية، عن وجود 52 متحفا على مستوى الجمهورية، منها 18 متحفا مغلقا، كلها تحتوى على آثار فرعونية وقبطية ويونانية ورومانية وإسلامية، فضلا عن مخطوطات نادرة، وكلها أصبحت حبيسة بين جدران المتاحف المغلقة بسبب الفساد. في حين يبدو أن المساجد الأثرية، التي تمتلكها وزارة الأوقاف وتشرف عليها وزارة الآثار، خارج اهتمامات وزير الآثار الذي وعد بإعادة القاهرة التاريخية إلى أزهى عصورها، وتنظيف مناطق الدرب الأحمر والغورية وسوق السلاح، إلا أنه يبدو أن هذه الوعود قد ذهبت أدراج الرياح.
