حالة من الإهمال تسطير على وزارة الآثار في حكومة الانقلاب، وتهدد ما تبقى من الآثار المصرية، التي وقع أغلبها فريسة التهريب والسرقة، حيث كشفت مصادر داخل وزارة الآثار تعرض 4 قطع أثرية للكسر من أصل 135 قطعة تخص مجموعة الملك توت عنخ آمون الأثرية، حيث أصيبت بأضرار بالغة خلال عملية نقلها من المتحف المصري في القاهرة إلى المتحف الكبير. وتبين أن الأضرار شملت كسرًا في قائم كرسي الملك توت عنخ آمون المزخرف، وكسر قاعدة لطاولة أثرية وغطاء لأحد النعوش، إضافة إلى كسر لوحة من الزجاج غطت ورقة بردي أثرية. نفى محمود الحلوجي -مدير المتحف المصري، في تصريحات صحفية- تضرر أي من قطع أثرية من مجموعة الملك توت عنخ آمون، مؤكدا أنه لا يعلم شيئا عن القطع التي تم نقلها وجميعها تخرج من مخازن المتحف ومسئوليته عنها تنتهي بمجرد تسليمها، مضيفا: ما يتم تداوله من معلومات عن تضرر المجموعات الأثرية تصفية خلافات بين رؤساء القطاعات. وفي المقابل طالب عدد من الأثريين والمهتمين بالحضارة الفرعونية، بفتح تحقيق سريع في تلك الواقعة، ونشر محاضر التسليم والاستلام من المتحف المصري وإلى المتحف الكبير لحل الأزمة ومعرفة المتسبب في تلك التلفيات وحجمها، وبغض النظر إن كانت القطع الأثرية تعود إلى مجموعة توت عنخ آمون أم لا، لا بد من محاسبة المتورط فى تلك حادثة؛ لأنها قطع أثرية لها قيمتها، بعض النظر إلى أي حقبة زمينة تعود. تأتي تلك الحادثة بعد أقل من شهرين على مرور واقعة تشويه لحية الملك توت عنخ أمون، واستخدام مادة الإبوكسي في عملية اللحام واستعانتهم بفريق من الخبراء الأجانب لإصلاح ما تعرض له القناع من أضرار، ونفى حينها أيضا مسئولو وزارة الآثار تعرض التمثال لأي أضرار في محاولة لإخفاء الكارثة.