أبدى سياسيون وعسكريون مخاوفهم من صدام وشيك بين الإخوان والمجلس العسكرى حال فوز مرشحهم د.محمد مرسى واتجاه الجماعة لممارسة سياسة إقصاء المعارضين والتدخل فى هيكلة المؤسسات السيادية بما يضمن سيطرة كوادر الإخوان عليها. وأكد مصدر عسكرى أن القوات المسلحة لن تدخل فى أى صراعات مع الرئيس المنتخب سواء محمد مرسى أو أحمد شفيق لأنه سيكون القائد الأعلى للقوات المسلحة، وبالتالى لا يتصور أن يكون هناك صراع بين القوات المسلحة وقائدها الأعلى. وشدد المصدر على أن الجيش سيحمى الشرعية وسيقف خلف الرئيس الجديد الذى جاء عبر صناديق الاقتراع بإرادة حرة. من جانبه، توقع اللواء عبدالحميد عمران، الخبير العسكرى، أن يحدث صدام بين المجلس العسكرى ومحمد مرسى، موضحاً أن شفيق مدعوم من المجلس العسكرى بينما مرسى كان مدعوماً من مجلس الشعب الذى تم حله مؤخراً، وبالتالى فقد عناصر الدعم، وقال عمران «ندعو الله ألا يحدث صدام». فيما قال خالد على، المرشح الخاسر فى انتخابات الرئاسة، أن المجلس العسكرى لن يقف مكتوف الأيدى إذا ظهرت محاولات من الإخوان لإقصاء المعارضين أو إبعاد رموز النظام السابق، وقال إن العسكر سيسعون لتقليص سلطات الرئيس بالدستور الجديد. وتوقع د.وحيد عبدالمجيد، نائب البرلمان المنحل، عدم تعاون أجهزة الدولة مع مرسى قائلاً: «سيكون مرسى فى وضع عصام شرف رئيس الوزراء السابق بلا صلاحيات، وسيجلس فى مكتبه دون أن يعرف ما الذى يدور فى الغرفة المجاورة». وتابع عبدالمجيد: «نحن مقبلون على مرحلة انتقالية ثانية، لأنه ليس هناك تسليم حقيقى للسلطة، ومرسى سيكون ديكوراً ليس أكثر ولا حول له ولا قوة»، محذراً من حدوث اشتباك وتخبط بين القوى السياسية والسلطات مثل الذى حدث فى المرحلة الانتقالية الأولى، كما أن الثورة ستدخل فى مرحلة جديدة سيغلب عليها الطابع الاجتماعى وسيستمر الارتباك والاضطراب فى بداية هذه المرحلة. بينما أكد عصام شيحة، عضو الهيئة العليا بحزب الوفد، أن الإخوان سيعملون على التوافق مع المجلس العسكرى، خاصة أنه سيصبح شريكاً فى الحكم حتى استكمال مؤسسات الدولة وذلك فى حال تفاديهم إعادة إنتاج تجربة 1954 أو تكرار تجربة الإسلاميين فى إيران أو الجزائر، مشيراً إلى أن الجيش لن يسمح للإخوان بممارسة سياسة الإقصاء للمعارضين أو لأشخاص من النظام السابق واستبدالهم بكوادرهم للسيطرة على كافة مرافق الدولة، خاصة مؤسسة الجيش. والأمر نفسه أكده ناصر أمين، مدير المركز العربى لاستقلال القضاء، حيث أوضح أن الجيش لن يقف متفرجاً فى حال تغول الإخوان على السلطة أو اعتدائهم على اختصاصاته، لافتاً إلى أن الانقلاب العسكرى لن يكون مستبعداً فى تلك الحالة. وأكد أمين أن هناك ما يسمى بمفهوم الدولة العميقة أو ما يطلق عليه النظام الذى سيحافظ على مصالحه ويرفض العبث بمؤسساته، مشيراً إلى أن الوزارات السيادية كالعدل والخارجية والدفاع يتم تعيين وزرائها بناءً على ترشيحات منها وأى عبث بتلك المؤسسات سيؤدى لصدام مع العسكر. وتوقع د.محمد الجوادى، المحلل السياسى عقد هدنة غير معلنة بين الإخوان والعسكرى لحين حدوث استفزاز من أحد الطرفين وعندها تحدث المواجهة. وأوضح الجوادى أنه من الأفضل للمجلس العسكرى فوز مرسى كشخص مدنى وللتأكيد على نزاهة الانتخابات للحيلولة دون تلقى ردود فعل صادمة من قبل القوى الدولية خاصة أن شفيق محسوب على العسكر. وكشف الجوادى عن أن هناك قاعدة لم ينتبه إليها أحد، هى أنه إذا أصبحت مصر فى حالة حرب قبل انتخاب برلمان جديد فسيتم استدعاء البرلمان الأخير الذى تم حله على الفور لأخذ رأيه فى شن الحرب أو الاشتراك فيها. وقال اللواء حمدى بخيت، الخبير العسكرى، إن القوات المسلحة لها أسس ومبادئ فى التعامل مع الرئيس باعتبارها مؤسسة منضبطة بأحكام الدستور والقانون، موضحاً أن مرسى سيكون القائد الأعلى للقوات المسلحة إذا فاز فى الانتخابات طبقاً للدستور، مشدداً على أن علاقة الجيش بالرئيس لا تحكمها الأهواء، وعلق بخيت بقوله «القوات المسلحة ستحترم أى رئيس يأتى به الصندوق، انشالله ييجى رئيس بعمّة». كما استبعد اللواء عادل سليمان، الخبير العسكرى والمحلل الاستراتيجى، حدوث أى صدام، وأضاف أنه لن تحدث ثورة أخرى، معلقاً بقوله « دى ثورة مفيهاش كلاكيت تانى مرة لأنها ليست فيلماً سينمائياً، ولن تحدث ثورة ثانية قبل 20 سنة». وأكد سليمان أن حكم المحكمة الدستورية بحل مجلس الشعب زاد من حالة الشك لدى قطاع كبير من الشعب تجاه المجلس الأعلى للقوات المسلحة وأسلوب إدارته للبلاد، موضحاً أن هذا الشك موجود فى الأساس بصرف النظر عن الحكم. وأكد سليمان أنه ستسود حالة من التخبط فى الشارع المصرى وأن على المصدومين من الحكم التصويت فى الانتخابات الرئاسية وعدم مقاطعتها حتى تفرز رئيساً يعبر عن المجتمع المصرى. وكشف سليمان أن المجلس العسكرى سيفى بوعوده بتسليم السلطة فى 30 يونيو الحالى حتى لو لم يكن هناك مجلس شعب، قائلاً «لدينا من القوانين ما يكفى البشرية كلها».