توقع قادة وخبراء سياسيون عدم تسليم المجلس العسكرى السلطة كاملة للرئيس القادم أو على الأقل وضع العراقيل أمامه، خصوصًا إذا كان الرئيس القادم هو الدكتور محمد مرسى، مرشح حزب الحرية والعدالة، معربين عن توقعهم بحدوث تفاهم قوى بين الفريق أحمد شفيق والمجلس العسكرى لضمان استمرار الوضع الخاص له فى الدستور وفى مؤسسات وموازنة الدولة. وقال عماد عبد الغفور، رئيس حزب "النور"، إنه إذا فاز الدكتور محمد مرسى فى الرئاسة فسوف يجد صعوبة كبيرة فى تسلم السلطة بالكامل من المجلس العسكرى، مشيرًا إلى أن تسليم السلطة لن يصبح بالأمر السهل، مشيرًا إلى أن المجلس العسكرى سيظل يدير عددًا من الملفات لمدة كبيرة، ولن يسلم السلطة بعد عام أو عامين وإنما ستأخذ فترة كبيرة قد تصل إلى أكثر من ثمانى سنوات. وأكد أن المجلس العسكرى الذى كان يدير أجهزة الدولة لمدة 60 عامًا لن يتخلى عن إدارة هذه الأجهزة إلا بعد فترة طويلة، مؤكدًا أنه حتى يتم تسليم السلطة بالكامل يجب أن تبذل جهود كبيرة، مشددًا على أن الحقوق تنتزع ولا توهب.
ومن جانبه أكد علاء أبو النصر، الأمين العام لحزب البناء والتنمية، أن المجلس العسكرى لديه سيناريوهات كثيرة وخطط لمواجهة أى أمور أثناء تسليمه للسلطة، مشيرًا إلى أن أبسط سيناريو متوقع أن يقوم به المجلس العسكرى فى حالة نجاح مرسى فى انتخابات الرئاسة تسليمه السلطة بعد وضع الألغام والعراقيل فى وجهه مثل إثارة أزمات الغاز والبنزين والمطالب الفئوية بما يجعله يستغيث بالمجلس العسكر. وأكد أبو النصر أن المجلس العسكرى سوف يظل بارزًا فى المشهد السياسى من وراء الستار مدة ليست ببسيطة وسوف يدير العديد من الملفات من وراء الستار وسيحاول إبقاء النظام القديم كما هو داخل مؤسسات الدولة. وأشار إلى أن المجلس العسكرى لن يسمح بأن يقوم مرسى أو حكومته إذا نجح فى الرئاسة بتطهير مؤسسات الدولة أو القيام بإحلال عناصر محل المؤسسات والأشخاص الفاسدين، مستغلاً اتهامهم بالسعى نحو التكويش لمنعهم من السيطرة على المؤسسات والسلطات التنفيذية فى الدولة. وأكد أبو النصر أن الوضع سيختلف تمامًا إذا نجح أحمد شفيق فى انتخابات الرئاسة لأنه محسوب على النظام القديم وعلى النظام العسكرى بما يسهل أمام المجلس العسكرى سيطرة شفيق على مؤسسات الدولة، وسوف يسلم له جزءًا كبيرًا من السلطة ويسمح له بإعادة إنتاج النظام القديم، وذلك فى مقابل أن يحقق شفيق مطالب المجلس العسكرى، وأن يوفر لهم وضعًا خاصًا ومميزًا فى الدولة وألا يتدخل فى ميزانية الجيش. وقال المستشار أحمد الفضالي، رئيس حزب السلام الديمقراطى والأمين العام لجمعية الشبان المسلمين، إن الصدام سيحدث في حالة فوز مرسي للرئاسة وذلك حينما تتعارض دولة الخلافة التى يسعى إليها الإخوان والدولة المدنية التى يهدف إليها المجلس الأعلى للقوات المسلحة، أما فى حالة شفيق فلن يحدث الصدام نظرًا للعلاقة بينه وبين العسكرى وتمسكه بمفهوم الدولة المدنية. وبدوره قال الدكتور محمد أبو العلا، رئيس الحزب العربى الناصرى، إن الخلاف والصدام بين المؤسستين لن يكون في المصلحة العليا للوطن، ولذلك يجب على الرئيس القادم أيًا كان اسمه ألا يدخل فى صدام. وشدد أبو العلا على ضرورة التزام المجلس العسكري بتعهده في نقل السلطة للرئيس المنتخب فى 30 يونيه والتفرغ لدورها الرئيسى والمتعلق بحماية الأمن القومى للبلاد، وأن الرئيس القادم يجب عليه أن ينظر للمجلس العسكري كمعاون له من أجل تلبية احتياجات المواطنين. وقال اللواء طلعت مسلم، الخبير العسكرى، إنه لا يعتقد أن الرئيس القادم سيسعى للصدام مع المجلس العسكري، لأن الرئيس المنتخب يحتاج لفترة كافية ولدرجة كبيرة من الاستقرار وتلبية مطالب الشعب، ولا يمكنه القيام بذلك إلا بالتعاون مع القوات المسلحة. وأضاف مسلم فيما يخص مرسي في حال فوزه بالرئاسة فلن يكون الصدام سريعًا والمشكلة ليست فى شخصه، وإنما فى مؤيديه خاصة هؤلاء الذين يطالبون بإجراء المحاكمات بأثر رجعي ومحاكمة أعضاء المجلس العسكري وتطبيق الشريعة. وأوضح أنه فى حالة فوز الفريق أحمد شفيق، لن يكون هناك صدام مع المجلس العسكرى ولكن من الممكن أن يكون هناك اضطرابات من جانب القوى الإسلامية التى ترفضه رئيسًا.