استنكرت الجماعة الإسلامية، ما أسمته "إصرار لجنة الخمسين علي إسناد تفسير مبادئ الشريعة الإسلامية للمحكمة الدستورية العليا دون غيرها، ورفضها جعل الأزهر الشريف المرجعية الأساسية للتفسير، معتبرة أنها بذلك "تتنافى وتتعارض مع ما استقرت عليه القيم والمبادئ الديمقراطية التي تنادى بأن تعكس الدساتير والقوانين توجهات وعقائد وأفكار الأغلبية". وقالت الجماعة في بيان لها، الجمعة،: "أن الاكتفاء بتفسير المحكمة الدستورية العليا لمبادئ الشريعة الإسلامية ووقوفها فقط عند الأحكام قطعية الثبوت والدلالة دون الأحكام الظنية، يهدر تسعة أعشار أحكام الشريعة الإسلامية الثابتة بأدلة ظنية الثبوت والدلالة، وتبطلها نظرا لمحدودية الأحكام القطعية فى أحكام الشريعة وبهذا التفسير يكون المشرع فى حل من الأخذ بالأحكام الظنية فى تشريعاته لكونها خارجة عن مبادئ الشريعة وفقا لتفسير المحكمة الدستورية المعيب".-علي حد قولها. وتابعت الجماعة في بيانها: "إن رفض لجنة الخمسين مرجعية الأزهر فيما يتعلق بالشؤون الإسلامية، وأن تكون المحكمة الدستورية العليا هى الجهة الوحيدة المختصة بتفسير مواد الدستور ومنها بالقطع مبادئ الشريعة وأحكامها رغم عدم أهليتها وإلمامها بقضايا الشريعة الغراء، وأصر غلاة العلمانيين واليساريين وتواطئوا على حذف أية إشارة تدل على الشريعة الإسلامية أو الهوية أو الإلتزام بمنظومة القيم الدينية والأخلاقية كضابط أساسي في ممارسة الحقوق والحريات بل والإصرار على النص على مدنية الدولة أو الحكم المدني، إشارة واضحة على ترسيخ قواعد العلمانية في الدستور الإنقلابي الجديد".- بحسب البيان