أثارت «قضية ترميم المجمع العلمى» جدلا واسعا فى الأوساط الأثرية و الثقافية و ذلك بعد أن تم ترميمه برعايه القوات المسلحة، بالمخالفة لجميع قوانين ترميم الآثار و المحافظة على القيمة الأثرية للمبنى، و ذلك قبل مرور عاما على احتراقه فى أحداث مجلس الوزراء، و هو الآن مهدد بحذفه من قائمه المبانى الأثرية بوزارة الآثار . قال محسن السيد أمين المجلس الآعلى للآثار فى تصريحات خاصه ل«الصباح» إن وزارة الآثار ستتخذ إجراء بحذف مبنى المجمع العلمى من قائمة المبانى الأثرية و ذلك بعد ترميم المبنى «بالخرسان و المسلح» وهذه مخالفة لقوانين ترميم المبانى الأثرية، و أوضح أن الوزارة شكلت لجنة فنيه من كبار أخصائى الترميم ، ووضعت معايير ترميم المبانى الأثرية ومراحلها المختلفة إلا أن شركة «المقاولون العرب» لم تأخذ بتلك التوصيات على الإطلاق، وأكد السيد الآمين العام، أن القائمين على الترميم تجاهلوا خطابات الوزارة المقدمة من وزير الآثار ومن المجلس الأعلى بتوصيات الترميم و المحافظة على الأثر. و قال السيد إن وزارة الآثار قامت بتقديم بلاغ رقم 1186 لدى نيابة عابدين فى شهر مارس الماضى للتحقيق فى مخالفات الترميم بالمبنى الأثرى . من جانبها صرحت الدكتورة سهير زكى حواس رئيس الإدارة المركزية للدراسات والبحوث والسياسات بالجهاز القومى للتنسيق الحضارى، وصاحبة موسوعة القاهرة الخديوية، وأستاذ العمارة بكلية الهندسة جامعة القاهرة، أن بعد ترميم المجمع العلمى بطرق لا تتناسب مع مبنى أثرى يجب التعامل معه بتقنيات علمية وفنية فى ترميمه بشكل مختلف عن استخدام الخرسانة به انه لم يعد مناسبا إبقاؤه مسجلا كأثر، وأعتقد أنه سوف يرفع من قوائم الآثار، وانما قيمته التاريخية والرمزية وكذلك أصالة واجهاته الخارجية التى بقيت بعد احتراقه باستثناء جزء من الواجهة الغربية الذى تم إعادة بنائها تجعله يرقى الآن ليسجل طبقاً لقانون رقم 144 لسنة 2006 من أجل أن يبقى فى حماية القانون، ويدخل ضمن قوائم الحصر منطقة القاهرة الخديوية والتاريخية، ويعامل كمبنى تراثى متميز طبقاً للقيمة التى يتمتع بها. وتوصى حواس فى حال إصدار الآثار قرارا بخروجه من سجلات الآثار بسرعة تسجيله كمبنى معمارى متميز طبقاً لقانون 144 لسنة 2006 لحماية المبانى لقيمته التاريخية والمعنوية .