أكد الدكتور مختار الكسباني أستاذ الآثار الإسلامية والقبطية بكلية الآثار جامعة القاهرة، أن ما حدث من ترميم للمجمع العلمي، بحوائط خراسانية يعد جريمة في حق الآثار والمبنى، موضحاً أن عملية الترميم، التي تمت قضت على أثرية المبنى، ودمرت قيمته الفنية. وفي سياق متصل صرحت د. سهير زكي حواس رئيس الإدارة المركزية للدراسات والبحوث بالجهاز القومي للتنسيق الحضاري، وأستاذ العمارة بكلية الهندسة جامعة القاهرة أنه بعد ترميم المجمع العلمي بطرق لا تتناسب مع مبنى أثري، يجب التعامل معه بتقنيات علمية وفنيه في ترميمه تشبه تلك المواد التي بني بها، وليس باستخدام الخرسانة، والتي معها سيرفع المبني من قوائم الآثار، ولكن قيمته التاريخية والرمزية وكذلك أصالة واجهاته الخارجية، التي بقيت بعد احتراقه، باستثناء جزء من الواجهة الغربية الذي تم إعادة بناءه، تجعله يبقى في حماية القانون، ويدخل ضمن قوائم الحصر في منطقة القاهرة الخديوية والتاريخية، ويعامل كمبنى تراثي متميز طبقاً للقيمة التي يتمتع بها.