قضت الدائرة الثانية بمحكمة القضاء الإداري برئاسة المستشار إبراهيم إسماعيل نائب رئيس مجلس الدولة بعدم قبول طلب إلغاء القرار السلبى لرئيس الجمهورية بالامتناع عن تحويل جامعة النيل من جامعة خاصة إلى جامعة أهلية لعدم توفيق الجامعة لأوضاعها القانونية. كما قضت بوقف تنفيذ القرار رقم 305 لسنة 2011 والصادر بتاريخ 19 فبراير 2011 من رئيس مجلس الوزراء بالموافقة على قبول التنازل النهائى الصادر من مجلس أمناء المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجى عن حق الإنتفاع عن مساحة 127 فدان وهى قطع الأراضى أرقام 62 و63 المخصصة لوزارة الإتصالات وتكنولوجيا بمدينة الشيخ زايد ومحافظة السادس من أكتوبر على ان تتولى الجامعة توفيق أوضاعها كجامعة أهلية ومن الظاهر من العبارة الأخيرة أن مجلس أمناء المؤسسة لهذه الجامعة يدرك تماما مدى العوار الذى لحق بتأسيس وإنشاء المؤسسة وجامعة النيل وإلا ما كان دعاها إلى توفيق أوضاعها
وأضافت المحكمة أنه لما كان هذا القرار يشكل ركن السبب فى القرار المطعون فيه رقم 305 لسنة 2011 طبقا للمادة " 20 " من لائحة النظام الأساسى للمؤسسة المذكورة والتى تنص على ان يتولى مجلس الأمناء إدارة المؤسسة بما يحقق أغراضها وله فى سبيل ذلك القيام باختصاصات مجلس الإدارة والجمعية العمومية الواردة فى القانون 84 لسنة 2002 ولائحته التنفيذية فيما عدا تعديل الغرض الأصلى للمؤسسة الأهلية المحددة فى هذا النظام ومن ثم هذا التنازل يكون قد صدر من السلطة التى تملك إصداره ويكون القرار المطعون فيه يكون قد صدر قائما على سبب صحيح وقضت المحكمة بوقف تنفيذ القرار رقم 356 لسنة 2011 الصادر بتاريخ 14 مارس 2011 بالموافقة على قبول وزارة الإتصالات وتكنولوجيا جميع التجهيزات الإضافية لمبانى جامعة النيل الممولة من المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجى البالغ قيمتها40 مليون جنيه بالغضافة إلى ما قد يتبقى من التبرعات المخصصة لإنشاء الجامعة الجارى حصرها وقالت المحكمة فى حيثياتها أن البادى من ظاهر الأوراق وبالقدر الازم للفصل فى طلب وقف تنفيذ هذا القرار أنه قد صدر بناءا على خطاب من رئيس مجلس أمناء المؤسسة المذكورة وتضمن هذا التنازل وليس بناءا على قرار من مجلس الأمناء ومن ثم فإن هذا التنازل يكون قد صدر من غير مختص وهو والعدم سواء واشارت الحيثيات أن ما تم التنازل عنه لم تساهم فيه الدولة وإنما تم تجهيز تلك المبانى من موارد المؤسسة وتلقت تبرعات بلغت 150 مليون جنيه وفقا للمستندات المقدمة من الحاضر عن رئيس مجلس أمناء مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا بجلسة 24 أكتوبر 2012 وهى مبالغ قدمها المانحون ليس من بينهم الدولة لجامعة النيل تحديدا وقضت المحكمة بوقف تنفيذ قرار رئيس مجلس الوزراء رقم 100 لسنة 2011 المطعون فيه بنقل الإشراف الإدارى على الأرض والمبانى الصادر بشأنها قرار رئيس مجلس الوزراء رقمى 305 و356 لسنة 2011 وذلك من وزارة الإتصالات وتكنولوجيا المعلومات إلى صندوق تطوير التعليم
وقالت المحكمة فى حيثياتها انه لما كان هذا القرار قد أستند إلى صدور القرارين رقمى 305 و356 لسنة 2011 بما تضمناه وقد انتهى قضاء المحكمة إلى وقف تنفيذ القرار فى الجزء الخاص المقام عليه المبنى الذى ستشغله جامعة النيل وإلى وقف تنفيذ القرار الأخر وكان من الضرورى أن تقوم الدولة بعد إستردادها للأرض وما أقيم عليها من مبانى أن تحدد جهة إدارية تتولى الإشراف عليها وقد أختارت صندوق تطوير التعليم للقيام بهذا وهو أمر يخضع لسلطلتها التقديرية ولا معقب عليها فى هذا الشأن
وقضت المحكمة بوقف تنفيذ القرار 1366 لسنة 2011 الصادر بتاريخ 27 أكتوبر 2011 المطعون فيه والذى نص فى المادة الأولى منه على إستخدام مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا " مشروع مصر القومى للنهضة العلمية " المبانى والمنشأت المقامة على الأراضى التى خصصت لوزارة الإتصالات وتكنولوجيا المعلومات بمدينة الشيخ زايد محافظة الجيزة والصادر فى شأنها قرار مجلس الوزراء رقما 305 و356 لسنة 2011 والتى تم نقل الإشراف الإدارى عليها إلى صندوق تطوير التعليم بقرار رئيس مجلس الوزراء رقم 100 لسنة 2011 لحين إستكمال الإجراءات اللازمة وفقا للقانون. ونص فى المادة الثانية على " الموافقة على الترخيص للدكتور أحمد زويل بصفته رئيسا لمجلس الأمناء لمدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا بالتعامل مع الجهات الحكومية وغيرها من الأشخاص المعنوية العامة والخاصة لإنجاز كافة الإجراءات اللازمة لإستكمال المقومات المادية والمعنوية اللازمة للمدينة على أن تعرض هذه التعاملات على مجلس الأمناء للمراجعة والإعتماد .