البابا كيرلس السادس البطريرك 116 للكنيسة القبطية الأرثوذكسية، كان أول من رفض زيارة القدس، حيث أعلن ذلك فى أعقاب هزيمة 1967 بعد وقوع القدس فى يد الاحتلال الصهيونى، بعدما لاحظ عمليات تهويد واسعة بمنطقة القدس،وفي عام 1980 قرر المجمع المقدس للكنيسة القبطية وهو أعلى سلطة فى الكنيسة، منع الأقباط من زيارة القدس، وذلك فى أعقاب الشقاق بين البابا شنودة والرئيس الراحل أنور السادات وما جرى فى مصر بعد اتفاقية كامب ديفيد التى لاقت معارضة شعبية واسعة. وجاء نص قرار المجمع المقدس بشأن القدس( فى جلسة الأربعاء 26/ 3/ 1980)" على عدم التصريح لرعايا الكنيسة القبطية الأرثوذكسية بالسفر إلى القدس هذا العام، فى موسم الزيارة أثناء "البصخة المقدسة" وعيد القيامة، وذلك لحين استعادة الكنيسة رسمياً لدير السلطان، ويسرى هذا القرار تلقائياً ما دام الدير لم يتم استعادته، أو لم يصدر قرار من المجمع بخلاف ذلك". استمر العمل بقرار المجمع المقدس طوال عهد البابا شنودة الثالث الذى قال مقولته الشهيرة "لن ندخل القدس إلا مع اخوتنا المسلمين"، حتى أن البابا الراحل كان يعاقب الأقباط الذين يزورون القدس بالحرمان الكنسى، أى الحرمان من سر التناول، وهو أحد الأسرار المقدسة السبعة للكنيسة الأرثوذكسية. وفي عام 1991 رسم البابا شنودة الثالث الأنبا ابراهام مطرانًا على القدس وكرسى أورشليم والخليج، ولكنه رفض زيارة القدس لتجليسه على كرسيها، وأرسل وفدًا من كبار المطارنة والأساقفة رأسه الأنبا بيشوى مطران دمياط وكفر الشيخ والبرارى لتجليس المطران الراحل نيابة عنه، والتزاما بالتقاليد الكنسية التى لا تسمح لأسقف وهو رتبة أقل بتجليس المطران وهو رتبة أعلى منه، خاصة وأن ايباراشية القدس لا يتولاها إلا مطران ويحل ثانيًا فى ترتيب أساقفة المجمع المقدس بعد البابا مباشرة. وذات مرة سُئل البابا شنودة عن زيارة القدس كما سبق وزارها الرئيس الراحل أنور السادات ,فقال: " زيارتي للقدس في ظل احتلال اسرائيل لها تختلف عن زيارة الرئيس المصري الراحل أنور السادات لاسرائيل، فقد زارها بصفته رئيس دولة ولهدف محدد ولتحقيق نتيجة من وراء الزيارة، أما زيارتي للقدس الآن في ظل احتلال اسرائيل لها فلا فائدة من ورائها الآن وبلا أي نتيجة، بالإضافة إلى أن اسرائيل ستقول لنا وقتها لكم الزيارة ولنا الريادة، وستؤدي زيارتنا للقدس الآن إلى رواج اقتصادي لليهود، علاوة على أن الاعلام اليهودي سوف يظهر هذه الزيارة كما يريد". وأضاف البابا شنودة وقتها : لن أدخل القدس إلا بتأشيرة فلسطينية على جواز سفري ومع صديقي شيخ الأزهر الدكتور محمد سيد طنطاوي وأخوتي العرب، ولن يكون هذا إلا بعد أن يزول الاحتلال عن القدس، ويصبح المسجد الأقصى تحت سيطرة السلطة الفلسطينية. وعلي الرغم من قرار الحظر إلا أن بعض الاقباط وخاصة كبار السن كانوا يسافرون الي القدس بشكل سري لأداء الحج والاحتفال بعيد القيامة ,وبعد رحيل البابا شنودة تصور البعض أن قرار الحظر تم الغائه برحيل البابا شنودة مما دفع الآلاف من الاقباط للسفر الي القدس خلال العامين الماضيين وذلك بعد تولي البابا تواضروس للكرسي البابوي. ووقتها قام البابا تواضروس بالاعلان عن موقفه صراحة وقال "الكنيسة ستستمر في السير على خطى البابا شنودة ونهجه الداعم للقضية الفلسطينية ولن ترفع قرار الحظر إلا بعد أن يدخلوا القدس بصحبة إخوانهم المسلمين".