يعد الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر من أبرز الشخصيات الدينية التي تحاول جماعة الإخوان المسلمين النيل منهم منذ اندلاع ثورة يناير مرورا بفترة رئاسة الرئيس المعزول محمد مرسي وحتي يومنا هذا، فالجماعة تدرك جيدا قدر تأثير شيخ الأزهر وشعبيته الجارفة بين جميع طوائف الشعب، وبالرغم من أن الجماعة حاولت إخفاء رفضها لاستمراره في منصبه في عهد المجلس العسكري إلا أن ممارساتها فضحتها وكشفت نواياها، حيث رفضت الجماعة قبل وصول "مرسي" لسدة الحكم الانصياع لمقترحاته في لم شمل القوي السياسية في الفترة التي سبقت إعداد الدستور الإخواني. واستمر صراع الإخوان لإقصاء الطيب إلي ما بعد وصول المعزول إلي قصر الاتحادية، فحرب تشويه ونعته بعضو الحزب الوطني استمرت وبعد فشلها لجأت الجماعة إلي تأمين منصب شيخ الأزهر في الدستور الإخواني أملا في الإطاحة به لحساب مرشح يتبعها وقامت بعدها بافتعال أزمة حادثة التسمم الجماعي في جامعة الأزهر ليخرج بعدها شباب الجماعة ويحاصر مشيخة الأزهر وتكون فرصة جيدة للمطالبة برحيل الطيب، ويكمل الرئيس المعزول المسلسل ويذهب مسرعا ليطمئن علي المصابين في الوقت الذي لم يتحرك للاطمئنان علي أطفال أسيوط الذين لقوا مصرعهم تحت عجلات قطار الصعيد، محاولات الجماعة فطنت لها كثير من القوي السياسية وطالبت الجماعة بعدم الزج باسم الشيخ الطيب في حادثة التسمم، وقال وقتها حزب «النور» ان هذه الواقعة نوع من الحرب النفسية التي يمارسها "الإخوان" ضد شيخ الأزهر لأسباب سياسية بعد فشل محاولاتهم لإقالته، ولعل الاسباب السياسية التي فطن لها حزب «النور» كانت ترجع لمواقف الطيب المناهضة لسياسيات النظام فهو من رفض قانون الصكوك الإسلامية وأحرج الحكومة ومجلس الشوري، كما أنه من صفع النظام ورفض مباركة الإخوان لخطوات التقرب من الشيعة. وبعد مشاركة شيخ الأزهر في وضع خارطة الطريق بعد عزل مرسي في الثالث من يونية الماضي فتحت الجماعة النار علي الطيب واصفة إياه بشيخ الانقلاب علي الشرعية، وعلي منصة رابعة العدوية وقف الدكتور محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين ليوجه كلامه للطيب قائلا «أنت رمز ولا يمكن أن تحتكر الخطاب باسم الشعب»، وبعد فض اعتصامي رابعة والنهضة شن أنصار الجماعة هجوما حاداً علي شيخ الأزهر محملين إياه مسئولية الدماء التي سالت، فخرج الطيب ليتبرأ من دماء الضحايا، مشددًا علي "حرمة دماء المصريين" قائلا "إيضاحًا للحقائق وإبراءً للذمة أمام الله والوطن، يُعلن الأزهر للمصريين جميعًا أنه لم يعلم بإجراءات فض الاعتصام إلا عن طريق وسائل الإعلام، ويُطالب بالكف عن محاولات إقحامه في الصراع السياسي". وتابع الطيب في بيان أصدره خصيصا لهذا الغرض "الأزهر الشريف وهو يسعي إلي جمع أطراف الصراع السياسي علي مائدة حوار جادة مخلصة للوصول إلي حل سلمي للخروج من الأزمة الراهنة، محذرا "من استخدام العنف وإسالة الدماء" لكن الجماعة لم تستمع لصوت العقل وظلت علي عنادها وإصرارها في تشويه جميع الرموز السياسية والدينية خاصة تلك التي شاركت في إعداد خارطة الطريق. وبعد استخدام مؤيدي المعزول للعنف في أعقاب فض اعتصامي رابعة والنهضة، دعا شيخ الأزهر الجماعة للجنوح للسلم والمسارعة إلي حماية بلدهم الذي ولدوا فيه وتربوا به، وأضاف: «سارعوا لحماية البلد من الانزلاق إلي فتنة عمياء تحرق البلاد"، محاولات تشويه الإمام الأكبر لم تقتصر فقط علي أنصار الجماعة بمصر بل امتدت إلي أنصارها بالخارج فخرج رئيس الوزراء التركي رجب طيب أردوغان- احد حلفاء الجماعة والمدافع عنها أمام الرأي العام العالمي- ليشن هجوما حادا علي الطيب قائلا" شعرت بالإحباط عندما رأيت شيخ الأزهر يؤيّد الانقلاب العسكري في مصر، وتساءل "كيف يمكنك القيام بذلك؟"، مضيفاً "ذلك العالِم قد انتهي إن التاريخ سيلعن الرجال أمثاله كما لعن التاريخ علماء أشباهه في تركيا من قبل"