تقدمت منظمة العفو الدولية بمذكرة رسمية إلي الرئيس محمد مرسي تستعرض بصورة مفصلة الأولويات المهمة لحقوق الإنسان في مصر، محذرة في الوقت نفسه من أن الطريق إلى حقوق الإنسان لن يكون سهلاً بسبب محاولات العسكر التمسك بسلطاتهم وعدم استعدادهم للخضوع لإشراف مدني. ودعت المنظمة في المذكرة التي قدمتها مرسي إلى كسر دوامة الانتهاكات التي ارتكبت في عهد حسني مبارك المجلس العسكري و إجراء تحقيقات مستقلة وغير منحازة فيها ، وحثته على اتخاذ تدابير حاسمة خلال الأيام المئة الأولى من حكمه لوضع مصر بثبات على طريق سيادة القانون واحترام حقوق الإنسان. ومن التوصيات التي تضمنتها مذكرة العفو الدولية لمرسي، وضع حد لتمتع العسكر بسلطة الإشراف الشرطي على المدنيين، وإصلاح قوات الأمن، ومباشرة تحقيقات مستقلة في انتهاكات الماضي- سواء في عهد مبارك أو في ظل سلطة المجلس العسكري- وإقرار تدابير لوقف التمييز ضد المرأة والأقليات الدينية. وذكرت المنظمة أن المجلس العسكري لم يفعل شيئاً للتصدي لإرث حسني مبارك، وعوضاً عن ذلك، اتسم حكمه ب"القمع المتواصل والوحشي" في كثير من الأحيان، لحقوق الإنسان، مضيفة "وحتى اليوم، لم تحرز تحقيقات الجيش أي نجاح في محاسبة ولو واحد من أفراد القوات المسلحة عما ارتكب من انتهاكات". فطالبت العفو الدولية بالإفراج "كخطوة أولى" عن جميع سجناء الرأي وآلاف المدنيين الذين سجنتهم محاكم عسكرية، وإلا فتقديمهم إلى محاكمات عادلة أمام محاكم مدنية. ولإصلاح قوات الأمن طالبت العفو الدولية بإنشاء هيئة مستقلة تملك صلاحية التحقيق في مزاعم الانتهاكات التي ترتكب على أيدي قوات الأمن، وإعلان هيكلية قوات الأمن على الملأ، وكذلك الأوامر التي تحكم استخدامها للقوة. وذكرت المنظمة أن القانون المصري يميِّز ضد المرأة في مجالات الأحوال الشخصية المختلفة، مطالبة بوضع حد للتمييز ضد الأقليات في مصر، بمن فيها الأقباط. ومن جانبه قال الأمين العام لمنظمة العفو الدولية سليل شتي، أنه سيكون من المهم تتبع مسار الأشهر الأولى للرئيس الجديد عن كثب، ومساءلته عما يتخذ، أو ما لا يتخذ، من تدابير للبدء بتحقيق الأولويات الملحة لحقوق الإنسان التي تقتضيها الأوضاع في مصر."