تقدم عدد من الأقباط أعضاء الهيئة العليا لحزب المصريين الأحرار باستقالتهم من مناصبهم لأسباب تتعلق باعتراضهم على طريقة إدارة شئون الحزب واستبعادهم من قائمة الترشيحات الانتخابية لهذه الدورة غير أنه قد سبق للمستقيلين ترشح بعضهم الدورة الماضية فى الانتخابات البرلمانية. ويعانى الحزب فى الفترة الراهنة من حالة غليان بسبب السياسات المنفردة والتى لا تعتمد على المفاهيم الديمقراطية من قريب أو بعيد وهو ما جاء فى مضمون نصوص الاستقالات المقدمة. وتأتى عايدة نصيف عضو الهيئة العليا للحزب، على رأس الأسماء التى تمت الإطاحة بها من قائمة الترشيحات على الرغم من منحها وعودا باختيارها تقديرا لجهودها فى خدمة الحزب منذ نشأته، ما جعلها تدون استقالة رسمية قدمتها للحزب «نحتفظ بنسخة منها»، مفادها أن الحزب عمل على إقحام الكنيسة فى اختياراته للتأثير على كتلة الناخبين القبطية ويترك مقاليد الاختيار لعناصر وافدة على الحزب مثل عماد جاد وهانى نجيب (بحسب نص استقالتها)، بالإضافة إلى إصدار قرارات مصيرية دون الرجوع لأعضاء الهيئة العليا. يليها منى منير(عضو الهيئة العليا) التى استقالت أيضا احتجاجا على السياسات العامة للحزب بعد أربع سنوات متواصلة من الخدمة، وبررت استقالتها لكونها رافضة التقيد بأيديولوجيته السياسية التى يتبعها، بينما يجرى الحديث عن أن خلافات متعددة بينها ومسئولى الحزب بسبب الترشيحات الانتخابية. بينما كانت واقعة جون طلعت الملقب ب «فتى ساويرس المدلل» أكثر غرابة لاسيما وهو الذى كان يحضر كل اجتماعات الهيئة العليا وقريبا جدا من دائرة صنع القرار بالحزب على الرغم من كونه لا يشغل منصبا بعينه وخاض معركة شرسة مع مرشح جماعة الإخوان فى الانتخابات الماضية، لكن على ما يبدو أن حظه لم يكن وفيرا هذه المرة بعد الإطاحة به من أسماء المرشحين فى اللحظة الأخيرة واختيار أحمد عبد الموجود بدلا منه وعلى إثرها قدم استقالة مسببة، لكنه قرر الاستمرار وعدم التراجع عن خوض الانتخابات كمستقل فى دائرة (شبرا _روض الفرج). أما ثروت بخيت عيسى عضو الهيئة العليا والمكتب السياسى، فقدم استقالته بعد أن استبعده الحزب بسبب التقارير الأمنية لأدائه العام، كما استبعد رائد المقدم عضو الهيئة العليا وأحد مؤسسى الحزب، على الرغم من سعيه لتشكيل كوادر قوية للحزب فى دائرته التى سبق وترشح عليها عن الحزب الدورة البرلمانية السابقة، بالإضافة إلى تدشينه لسلسلة لقاءات وندوات شعبية لضم أعضاء وقيادات جديدة، إلا أنه وقع الاختيار على المحامى إيهاب الطماوى الأمين العام المساعد للحزب، بدلا منه فى ذات الدائرة وعلى إثر خلافه جمد نشاطة بالهيئة العليا. كما تقدم كل من أندراوس عويضة المحامى وإبراهيم ادوارد المحاميين باستقالتيهما من الهيئة العليا احتجاجا على سياسات الحزب فى اختيار المرشحين.