أمر النائب العام المستشار هشام بركات, بفتح التحقيق في البلاغ المقدم من عاصم قنديل المحامي، وعضو هيئة المدعين بالحق المدني عن شهداء ثورة 25 يناير، ضد كلا من الرئيس المعزول الدكتور محمد مرسى، والمهندس خيرت الشاطر، النائب الأول للمرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين، ومحمد الظواهري القيادي بجماعة السلفية الجهادية، شقيق زعيم تنظيم القاعدة الدكتور أيمن الظواهري. حيث أحال البلاغ الذي حمل رقم 16931 لسنة 2013 عرائض النائب العام إلي نيابة وسط القاهرة الكلية، وقيد تحت رقم صادر 1779 لسنة 2013 وسط القاهرة، وكلف المحامي العام الأول بالتحقيق في إتهام المشكو في حقهم بالوقوف خلف جميع العمليات الإرهابية التى وقعت في الأراضي المصرية، وإغتيال المقدم محمد مبروك ضابط الأمن الوطني, وخطف الجنود المصريين، ودعم تنظيم الإخوان بهدف إثارة الفتنة وتكدير الأمن العام. وذكر البلاغ أن خيرت الشاطر قام بتكليف من محمد مرسي، بالاتفاق مع الجماعات المسلحة الناشطة في المنطقة الحدودية بسيناء، والكتائب المسلحة الناشطة في قطاع غزة، علي استهداف قوات الأمن المصرية سواء من رجال القوات المسلحة أو الشرطة، في حالة سقوط مرسي أو عزله من منصب رئيس الجمهورية، بهدف نشر الفوضي والعنف في ربوع مصر. وأضاف أن المشكو في حقهم مسئولين عن عملية إغتيال المقدم محمد مبروك، الضابط بقطاع الأمن الوطني، وأنهم قاموا بالتنسيق مع القيادي بتنظيم السلفية الجهادية محمد الظواهري، شقيق زعيم تنظيم القاعدة الدكتور أيمن الظواهري، علي نشر الفوضي وخطف الجنود وقتلهم. وذكر أن خيرت الشاطر دعم الجماعات المسلحة ب 5ملايين دولار لدعم تنظيم إخوان مصر "عسكرياً"، وأنه التقي بتاريخ 25 يونيو 2013 بشخص يدعي رمزي موافي يعمل وسيطاً لنقل الأسلحة وأجهزة فك شفرات اللاسلكى الخاصة بضباط الشرطة فى سيناء، كما قام خلالها بجولة داخل سيناء كلفه خلالها باستهداف أماكن حيوية فى سيناء والهجوم على المرتكزات الأمنية في حالة إزاحة محمد مرسي عن السلطة في تظاهرات 30يونيو. وأوضح في نهاية بلاغه أن كل العمليات الإرهابية التي شهدت مصر منذ ثورة 30 يونيو من إستهداف للشرطة المصرية، وكان آخرها العملية الإرهابية والتى حدثت بمدينة نصر وراح ضحيتها محمد مبروك، تتطابق مع طريقة تنفيذ كافة العمليات التي شهدتها سيناء والمحافظات المختلفة. وطالب النائب العام بإتخاذ الإجراءات القانونية اللازمة تجاه المشكو في حقهم، والتحقيق في الاتهامات الموجهة إليهم من استهداف الجنود ودعم الإرهاب، وتقديمهم لمحاكمة عاجلة.