اتهم تقرير صادر عن لجنة تقصي الحقائق تحت عنوان " ملف المفقودين خلال ثورة يناير" قد تم تسريبه وفقاً لصحيفة "الجارديان" البريطانية من مؤسسة الرئاسة المصرية ، القوات المسلحة بالوقوف وراء إختفاء عدد من النشطاء السياسيين ، والمواطنين عن الأنظار أثناء تأمينها للبلاد من فترة 12 يناير 2011 حتى 30يونيو 2012.
حيث كشف التقرير أن اللجنة قد استمعت إلى المواطن محمد مهدى عيسي من قرية أشمنت محافظة بني سويف والذى أكد أنه تم احتجازه بقسم شرطة الهرم من جانب ضابط قوات مسلحة ، وقام بتلفيق قضية ضده ، وحرر له محضر أحراز "طبنجة صوت 6 م" وقام بتسليمه للشرطة العسكرية ، وأنه موجود بأحد السجون العسكرية دون أوراق ، وانه مفقود ، محملاً التقرير التحريات العسكرية المسئولية عن ذلك.
فى الوقت نفسه استمعت اللجنة الى أقوال المواطن عبدالمنعم عبدالحميد والذى أكد على انه اثناء توجه ابنه الى نقابة المحامين بالمنوفية ، للذهاب ضمن الوفد المتوجه الى ميدان التحرير قد اختفى عن الأنظار ، وبعدها قد تلقى هاتفاً من أحد الأصدقاء أكد أنه متواجد بالسجون العسكرية ، وكان يتم تعذيبه مع أشخاص كثيرين ، وانه مات من شدة التعذيب ، وعلى الفور ذهب الى مشرحة زينهم ليجد ابنه قد قتل من شدة التعذيب.
وتابع التقرير كاشفاً النقاب عن ان والد المواطن محمد صديق توفيق عجلان قد قال ان ابنه قد خرج يوم جمعة الغضب ونزل الى التحرير ولم يرجع حتى الأن ، وانه قام بارسال مجموعة من الرسائل الى ابن عمته لانه يحفظ ارقامه ، وعند الاتصال به قال الشاب"أيوه يا أمى أنا محمد" وبعدها انقطع الاتصال ، وفور الاتصال بنفس الرقم رد شخص وقام بسبه بأفظع الشتائم طالباً عدم الاتصال مجدداً، وبعدها بشهر قام بالإتصال على نفس الرقم ليجد شخصا يقول له " انا جندي فى الجيش ، واخوي لقى الخط ده فى الجبل الأحمر"
وكانت النتائج التى توصل اليها التقرير كالأتى :_ 1_ قيام القوات المسلحة والتحريات العسكرية ، والشرطة العسكرية بعمل كمائن ثابتة ومتحركة فى قطاعات واسعة كان لها تعامل مباشر مع المدنيين ولم يتم موافتنا باسماء تلك القوات العسكرية القائمة على الكمائن.
2 _تبين من خلال التقرير أنه تم احتجاز عدد من المدنيين بكمائن القوات المسلحة بمنطقة دهشور ، وتم اختفائهم سرياً دون الاستدلال.
3_تبين من التحريات احتجاز مجموعة من النشطاء السياسيين بالمتحف المصري ، واقتيادهم الى السجون العسكرية.
وفيما يخص التوصيات _ 1 _ توصى اللجنة بالتحقيق فى كل الجرائم السابقة المتعلقة بالتعذيب حتى الموت مع افراد القوات المسلحة . 2 _ توصى اللجنة بالتحقيق فى واقعة تعذيب النشطاء داخل المتحف المصري والتى تم ارتكبها من جانب القوات المسلحة على حد تعبير التقرير. 3_توصى اللجنة بالكشف عن جميع اسماء الضباط الذن كانوا فى الكمائن السابقة ، والتحريات العسكرية ، والمخابرات الحربية والذين يشتبه فى تورطهم فى وقائع التعذيب.
4 _توصى اللجنة بالتحقيق مع كافة قيادات القوات المسلحة بشأن اصدار الأوامر والتعليمات.