استحدثت لجنة نظام نظام الحكم لتعديل الدستور فصلا جديدا خاصا بمواد المحكمة الدستورية حيث نصت المادة "164" على ان المحكمة الدستوريه العليا جهة قضائية مستقلة قائمة بذاتها ومقرها مدينة القاهرة ويكون لها موازنة مستقلة،وتقوم الجمعية العامة للمحكمة على شئونها، ويؤخذ رأيها فى مشروعات القوانين المنظمة لشئون المحكمة . ونصت المادة "165 على ان "تتولى المحكمة الدستوريه العليا دون غيرها الرقابة القضائية على دستورية القوانين ،وتفسير نصوص الدستور والنصوص التشريعيه والفصل فى المنازعات المتعلقة بشئون اعضائها وفى تنازع الاختصاص بين جهات القضاء والهيئات ذات الاختصاص القضائى والفصل فى النزاع الذى يقوم بشأن تنفيذ حكمين نهائيين متناقضين صادر احدهما من اية جهة من جهات القضاء او هيئة ذات اختصاص قضائى والاخر من جهة اخرى منها ،والمنازعات المتعلقة بتنفيذ الاحكام والقرارات الصادرة منها ويعين القانون الاختصاصات الاخرى للمحكمة وينظم الاجراءات التى تتبع امامها. بينما نصت المادة "166" على تختار الجمعية العامة رئيس المحكمة من بين اقدم ثلاثة نواب لرئيس المحكمة بعد موافقة الجمعية العامه للمحكمة ويصدر رئيس الجمهوريه قرار تعيينه،ويعين نواب رئيس المحكمة بقرار من رئيس الجمهوريه بعد موافقة الجمعية العامه للمحكمة،وتؤلف هيئة المفوضين بالمحكمة الدستوريه العليا من رئيس وعدد كاف من الروساء والمستشار ين والمستشارين المساعدين وذلك على النحو المبين للقانون،ويصدر قرار بتعيينهم رئيس الجمهوريه بعد موافقة الجمعية العامه للمحكمة . وتنص المادة "167" على ان رئيس ونواب رئيس المحكمة الدستوريه العليا ورئيس اعضاء هيئة المفوضين بها مستقلون وغير قابلين للعزل ولاسلطان عليهم فى عملهم لغير القانون ،يبين القانون الشروط الواجب توافرها فيهم وحقوقهم وحضانتهم وتتولى المحكمة مساءلتهم تأديبيا وذلك على الوجه المبين للقانون .