كشف تقرير حقوقي أن السجون المصرية شهدت قتل عدد كبير من السجناء بشكل جماعي بواسطة ضباط السجن بشكل كان أغلبه متعمدا، ولم يكن مرتبطًا بمحاولات هروب أو تصدي لحالات تمرد وقعت داخل السجون في الفترة ما بين 29 يناير ل20 فبراير، مما نجم عنه مقتل أكثر من 100 سجين، وإصابة مئات النزلاء الآخرين. كما كشفت الأدلة الواردة في التقرير الصادر عن المبادرة المصرية للحقوق الشخصية والذي تناول 5 سجون هي 'طره، واستئناف القاهرة، والقطا، وشبين الكوم، والأبعادية' عن نمط متشابه من قتل السجناء داخل هذه السجون، حيث لم يقتصر علي الاستخدام المفرط وغير القانوني للأسلحة النارية بواسطة ضباط السجن، وإنما امتد إلي توجيه مجري الرصاص إلي داخل عنابر السجن والزنازين، وضد سجناء غير مسلحين. ولفت التقرير بالشهادات والأدلة إلي أن مبرر استخدام العنف مع المساجين لمنع هروبهم لم يثبت في أي من السجون الخمسة، موضحا أن القانون ينص علي أن لحراس السجن الحق في استخدام الذخيرة الحية في مواجهة محاولات الهروب فقط في الحالة التي لا تتوفر فيها وسيلة بديلة، وبعد توجيه إنذار بإطلاق النار، وعبر توجيه الرصاص إلي ساق السجين. الجزء الأعلي من الجسد وأوضح التقرير أن إطلاق النار في هذه السجون كان في أغلبه يستهدف الجزء الأعلي من أجساد الضحايا، مستشهدا بسجن القطا حيث تضم قائمة السجناء القتلي الصادرة عن نيابة شمال الجيزة الكلية أسماء 33 سجينًا لقوا مصرعهم في الفترة من 25 يناير إلي أول مارس 2011، منهم 31 سجينا لقوا مصرعهم نتيجة الإصابة بطلق ناري، وكانت الإصابة في 14 حالة منهم إما في الرأس أو الوجه أو الرقبة؛ في حين كانت إصابات 14 سجيناً آخرين في الصدر والبطن والظهر، كما أن أغلب حالات إطلاق الرصاص لم يسبقها توجيه أي إنذار. وفي سجن ليمان طره قام ضباط السجن يوم 29 يناير 2011 بإطلاق النار علي السجناء داخل العنابر، وفي بعض العنابر قام الحراس بإطلاق النار علي السجناء داخل الزنازين، بينما ألقوا بالقنابل المسيلة للدموع داخل عنابر أخري. وفي سجن الاستئناف، كما أشار التقرير إلي أن بعض الحالات خلال هذه الفترة تُركت جثث القتلي لأيام لتتعفن داخل عنابر السجون، ووسط السجناء الأحياء، حيث ثبت ولم يتلقَّ السجناء المصابون في سجون القطا والاستئناف وشبين الكوم وطره أي رعاية طبية حقيقية لمدة تقرب من 10 أيام منذ بدء عمليات إطلاق النار في الأيام الأخيرة من يناير. لجنة تقصي حقائق وطالب التقرير بضرورة تشكيل لجنة تقصي حقائق مستقلة، مسئولة عن التحقيق في كافة الانتهاكات التي مورست ضد السجناء بداية من 25 يناير 2011؛ علي أن تتضمن مهام اللجنة تحديد الانتهاكات التي تمت في حق السجناء، وتحديد المسئولية بين مسئولي مصلحة السجون. كما ناشد التقرير النائب العام بندب قاضي تحقيق لتولي التحقيقات في القضايا المتعلقة بالقتل والانتهاكات داخل السجون الخمسة محل الدراسة؛ علي أن يمتد التحقيق ليشمل مدي تقصير النيابة العامة في التعامل مع البلاغات المقدمة بشأن هذه الانتهاكات. وشددت علي ضرورة إحالة كافة الضباط والمسئولين الآخرين الذين توافرت بشأنهم أدلة كافية إلي المحاكمة الجنائية دون إبطاء، فضلا عن الوقف الفوري عن العمل لجميع الضباط المتهمين بقتل وإصابة السجناء، حتي الانتهاء من إجراء التحقيق والمحاكمة.