قالت مصادر إلى أن الخلافاتتصاعدت بين المؤسسة العسكرية والرئاسة بشأن خيرت الشاطر بعد رفع الأجهزة السيادية تقارير لوزير الدفاع تفيد بأن خيرت الشاطر يتدخل فى عمل بعض الأجهزة السيادية الهامة وعلى رأسها الأمن الوطني والمخابرات، ويريد الاطلاع على كافة التقارير قبل تقديمها للرئاسة، وقيادات وزارة الدفاع وهو ما رفضته الأجهزة السيادية، وهدد رئيس المخابرات السابق بالإقالة وكذلك رئيس جهاز الأمن الوطني وتم رفع شكاوى بذلك لوزير الدفاع شخصياً. وأفادت التقارير التي عُرضت على وزير الدفاع بان خيرت الشاطر يتدخل في عمل الأجهزة السيادية ويعمل على تسييس هذه الأجهزة لصالح جماعة الإخوان، بتجميع معلومات عن رموز المعارضة والإعلاميين وتقديم هذه التقارير إليه مباشرة، فرفضت الأجهزة ذلك فهددهم. كانت المفاجأة الأولى للشاطر " عندما حضر للمخابرات العامة، بناء على اتفاق مسبق بين رئيسها ووزير الدفاع، فدخل الشاطر الجهاز ففوجئ بوزير الدفاع يقول له بالحرف الواحد " هذا ليس مكانك والمخابرات منشأة عسكرية، ليس لأحد التدخل في عملها، ولن نسمح بتسييس الجماعة وطلب منه المغادرة فوراً وإنهاء المقابلة، وأكد له أن الجيش لن يسمح بتسييس أى جهاز داخل الدولة لصالح فصيل بعينه, فغادر الشاطر غاضباً متوعداً كافة القيادات . وتابعت المصادر : أن وزير الدفاع سارع للاتحادية وهو غاضبمن تصرفات الشاطر ومعه هذه التقارير وطلب مقابلة رئيس الجمهورية، فقابله بفتور شديد ورد على هذه التقارير بجملة " الشاطر بمثابة رئيس للجمهورية " وبكره يكون نائباً للرئيس، وليس بالبعيد وهنا احتد الفريق السيسي، وقال بالحرف الواحد " الشاطر متورط فى عملية خطف الجنود وعمليات أخرى بالبلاد ولن نسمح بذلك " قائلاً: " الشعب لن يوافق على ذلك والجيش لديه تحفظات على ذلك والشعب من ورائه الجيش، لن يسمح بذلك ونعمل على إرادة الشعب "، فرد مرسى قائلاً : جماعة الإخوان خرجت من السجون عشان تعوض السنين اللي فاتت " مش هنتنازل عن حلم الخلافة " الشاطر سيكون رئيساً خلفاً لي في أحد الأيام. "" وأكمل مرسى حديثه قائلاً " امال الجيش هيعمل إيه لو عرف بأني ساقوم بتعيين الشاطر نائبا لي وأعطيت تعليماتي للرئاسة بمنحه عفواً شاملاً ورد اعتبار من كافة التهم التي وُجهت إليه في عهد النظام السابق". لكن الفريق السيسي احتد وقال: الجيش لن يسمح بتوريث السلطة لصالح فصيل بعينه وسيظل يحمى إرادة الشعب، طالما بقيت وزيراً للدفاع وقال مرة ثانية: لدينا معلومات تفيد بأن الشاطر متورط فى عملية خطف الجنود وعمليات أخرى تضر بالأمن القومى ولن نسمح بذلك ،فاحتد مرسى وقال للسيسي مهدداً بالحرف الواحد " اللي انت بتعمله ده غلط وممكن يكون مصيرك مصير السادات"، فكان رد وزير الدفاع " اللى يعمل حساب ربنا ويحتمي بشعب مصر وجيشه ميخافش أبداً من حاجة.. أنا محتمي بربنا وبإرادة الشعب بالكامل ومش هسمح بتسييس أجهزة البلاد أو محاولة إسقاط أجهزة الدولة .