كشفت قائمة أدلة الثبوت في قضية حرق وإتلاف مستندات جهاز أمن الدولة المنحل في أعقاب ثورة 25 يناير أن اللواء حسن عبد الرحمن -رئيس الجهاز السابق- قام بمخالفة تعليمات اللواء محمود وجدي -وزير الداخلية وقتئذ- وأقدم على حرق وثائق وأرشيف مستندات "سري للغاية" على نحو كان سببا في اقتحام مقار الجهاز. حيث أكد شهود الإثبات أن الوزير الأسبق أصدر تعليمات صريحة وواضحة بالمحافظة على كافة ما تحتويه مقار أمن الدولة من مستندات، وأن عبد الرحمن خالف تلك التوجيهات والتعليمات. وتضمنت قائمة أدلة الثبوت 26 شاهدا يتقدمهم اللواء محمود وجدي، وعدد من القيادات الشرطية، وضباط بالقوات المسلحة، وشهود عيان وشهود واقعة، إلى جانب الملحوظات التي دونها المستشار محمد شوقي فتحي قاضي التحقيق أثناء التحقيقات التي أجراها في القضية التي تضم 41 متهما من القيادات الشرطية من العاملين بجهاز مباحث أمن الدولة. وأشارت ملحوظات مستشار التحقيق قيام المتهمين من الأول وحتى الثانى عشر -من الضباط العاملين بالجهاز سابقا- بقيامهم بإتلاف مستندات خاصة بجهة عملهم، بينما اعترف المتهمون من الرابع والعشرين حتى الواحد والثلاثون -من قيادات الجهاز سابقا- بإصدار تعليمات بإتلاف المستندات. كما ثبت من معاينة النيابة العامة لمقر مباحث أمن الدولة بأسيوط وجود عدد من الأجولة بداخلها قصاصات ورقية وكميات من الأوراق المفرومة، كما عثر على محرقة حديدية بها كميات من الأوراق المحترقة وجدت ساخنة لحظة المعاينة، وثبت أيضا من معاينة النيابة العامة لمقر مباحث أمن الدولة بأسوان خلو المكاتب من المستندات وآثار فرم لكميات "كبيرة جدا" من المستندات ووجود خمس آلات فرم مستندات محاطة بتلال من الأوراق المفرومة. وأظهرت معاينة النيابة لمكان حرق مستندات فرع مباحث أمن الدولة بالبحر الأحمر ( الغردقة ) أنه مكان على جانب الطريق الجبلى غير ممهد، وأن الحريق قد وقع على بعد مائة متر تقريبا من الطريق الدائري، كما ثبت من المعاينة وجود احتراق لعدد كبير من المستندات والنيران مشتعلة بكومة كبيرة من الملفات، حيث تمكن أفراد القوات المسلحة من استخراج عدد كبير من ملفات مباحث أمن الدولة بعد أن تم إخماد الحريق، وكذلك تم اكتشاف وجود آثار حريق لعدد كبير جدا من المستندات والاوراق الخاصة بمباحث أمن الدولة بالشرقية. وقال محمود وجدي إن الكتاب الدوري الصادر من عبد الرحمن بحرق تلك المستندات والوثائق يخالف التعليمات والكتب الدورية الصادرة من وزارة الداخلية، ويخالف تعليماته له بالمحافظة على وثائق الجهاز.
ومن جانبه قال اللواء محمد جمال الدين عبدالسلام -مدير الإدارة المركزية لتداول العلاقات بجهاز مباحث أمن الدولة- في شهادته بأنه صدر كتاب دوري من رئيس الجهاز السابق بالتخلص من أرشيف "السري للغاية" عن طريق الفرم. وشهد أحمد عبد الغني -نقيب بالقوات المسلحة- أنه في يوم 5 مارس من العام الماضي كان ضمن قوة التأمين لمبنى مباحث أمن الدولة بأكتوبر أنه رأى ثلاثة كانوا يقومون بتكسير أسطوانات الكمبيوتر إلى قطع صغيرة، وانه بالتحقق من شخصيتهم من واقع تحقيق الشخصية الخاص بكل منهم، تبين أنهم العميد عصمت مهنى، والنقيب أحمد نجم، والجندى أحمد سعد، فقام بتحرير مذكرة بالواقعة وقام بتسليمها لأحد أعضاء النيابة العامة.