ادعت هيئة قضايا الدولة مدنيًّا في عدد من القضايا المنظورة أمام المحاكم في الوقت الحالي، والمتهم فيها الرئيس المخلوع حسني مبارك ورموز نظامه. حيث نقل موقع أخبار مصر عن المستشار محمد الشيخ -رئيس هيئة قضايا الدولة- قوله: إن الهيئة ادعت مدنيًّا بطلب التعويض من كلٍّ من الرئيس المخلوع مبارك، ونجليه، وحبيب العادلي، وصفوت الشريف، وفتحي سرور، وعائشة عبد الهادي، ويوسف بطرس غالي، ورشيد محمد رشيد، وزهير جرانة، وأنس الفقي، وأحمد نظيف، وآخرين.
من جانبه، أكد المستشار أحمد الغزالي -الأمين العام لهيئة قضايا الدولة- أن الهيئة في ادعائها طلبت ما يقرب من 2 مليار جنيه على سبيل التعويض في الجنايتين المتهم فيهما مبارك، وحبيب العادلي، ومساعدوه بقتل وإصابة المتظاهرين، خلال الفترة من 25 يناير 2011 وحتى 31 يناير 2011؛ حيث قدمت الهيئة دعواها عن الدولة -ممثّلَة في وزارتي الداخلية والمالية- ضد المتهمين بمبلغ مليار جنيه مصري على سبيل التعويض المدني المؤقت؛ لإرساء مبدأ التعويض؛ لارتكاب المتهمين الجرائم المؤثمة بأمر الإحالة؛ وذلك لأنهم خلال الفترة من 25 يناير 2011 إلى 31 يناير 2011 تسببوا بأخطاء في إلحاق ضرر جسيم بأموال ومصالح الجهات التي يعملون بها، على النحو الوارد بالتحقيقات وأدلة الثبوت. كما تم طلب إلزام المتهمين بتعويض رمزي تُقدّره المحكمة عما أصاب الشعب المصري من أضرار أدبية؛ نتيجة خطأ المتهمين الذي ترتب عليه إزهاق الأرواح الطاهرة لشهداء الثورة الأبرار. كما ادعت الهيئة مدنيًّا في الجناية المتهم فيها أنس الفقي -وزير الإعلام الأسبق- ويوسف بطرس غالي -وزير المالية الأسبق- لإضرارهما عمدًا بمصالح جهتيْ عملهما، وتوجيه الأموال المخصصة لبند السلع والخدمات بالموازنة العامة للدولة للدعاية الانتخابية للحزب الوطني.