جاء ذلك فى رسالته الإسبوعية، حيث قال: "حاولت أجهزة الأمن بكل دأب زرع عداوة بين الأزهر الشريف (كمؤسسة تعليمية دينية) وقيادتها، وبين الإخوان المسلمين كهيئة شعبية إسلامية"، وأضاف عدم إتخاذ الجماعة أى هيئة إسلامية أو جماعة عدواً لها، حتى وإن وجدت اختلافات فقهية أو سياسية، مؤكداً أن الإخوان لا يمكن استدراجهم إلى عداوات. وعلى صعيد آخر، قال إن القضية 2 لسنة 2007 جنايات عسكرية، والتى بموجبها تم حبس م. خيرت الشاطر، نائب المرشد، بالإضافة إلى عدد من قيادات الجماعة، وعلى رأسهم حسن مالك، ما هى إلا عقاب للإخوان على نجاحهم فى انتخابات مجلس الشعب عام 2005، وهو ما أدى إلى "عقاب الجماعة"، على حد تعبيره، واصفاً الأحكام بالقسوة البالغة، كما اعتبر الأحكام التى صدرت ضد أعضاء فى الجماعة يعملون فى شركات خاصة، فى القضية العسكرية الخاصة ب"الشاطر وإخوانه"، والتى أدت إلى تهديد التنمية والاستثمار، وعملت على طرد المستثمرين لخارج البلاد، إنما هى تدمير للمؤسسات الاقتصادية. وطالب بديع بإلغاء المحاكم العسكرية، وكذلك المادة 179 من التعديلات الدستورية الأخيرة التى تقضى بإنشاء محاكم استثنائية بشكل غير قانونى.