علي خلفية اعلان مصر ترشيح د. مصطفي الفقي لمنصب الامين العام لجامعة الدول العربية أعلن السودان رسميا موقفه المتحفظ من ترشيح الفقي أمينا عاماً للجامعة العربية خلفا لعمرو موسى، ونقلت وسائل اعلام سودانية أن التحفظ يجيء استنادا على الموقف العدائي السابق له علي السودان والذي أفصح عنه في مقالات نشرتها صحف رسمية مصرية، وفى مداولات مجلس الشورى ولجنة العلاقات الخارجية فى حينه، وظل يردد اتهامات باطلة بأن النظام في السودان يعتبر من أسوأ أنظمة الحكم في البلاد منذ الاستقلال وأنه عرض وحدة البلاد للخطر ودفع جنوب السودان للانفصال من أجل تطبيق أجندة دينية ضيقة. وقالت المصادر إن الفقي رفض في وقتها الاعتذار عن اتهاماته وادعاءاته أو التراجع عنها وتمسك بها في مداولات مجلس العلاقات الخارجية. وبشأن موقف السودان تجاه ترشيحات مصرية أخرى أكد المصدر أن السودان لا يتبنى أي موقف ضد أي شخص ترشحه الجهات المختصة في مصر، لكن التحفظ على مصطفي الفقي شخصي لمواقفه السالبة المذكورة ضد السودان، وعبر عن تقدير السودان وأهمية دعم أهداف الثورة المصرية الرامية إلى تقوية دور مصر الإقليمي وعودتها إلى دورها الريادي في المنطقة. وأوضحت المصادر أن السودان سلم رسميا عبر سفيره بمصر الفريق عبد الرحمن سر الختم رسالة للمسئولين المصريين وأتبعها بشرح موقف السودان وتحفظه تجاه ترشيح مصطفى الفقي للأمانة العامة للجامعة العربية.