كشفت بنود قانون الخدمة المدنية الجديد، عن منظومة جديدة للأجر تتضمن عنصرين فقط، (وظيفي ومكمل)، ويمثل الأجر الوظيفي نحو 75% من إجمالي الأجر. وأوضح القانون ان تقرير الأجر المكمل سوف يكون بقرار مركزي يصدر من رئيس مجلس الوزراء يسرى على جميع الجهات المخاطبة بأحكام القانون وهو ما يؤدى بالطبع إلى القضاء على التفاوت في الأجور بين هذه الجهات. وأوضح نص المادة (68) من القانون أن المشرع حفظ حقوق العاملين المدنيين الحاليين من خلال نقلهم إلى الوظائف المعادلة لوظائفهم الحالية، على أن يحتفظ كل منهم بالأجر الذي كان يتقاضاه، ويكون ترتيب الأقدمية بين المنقولين لوظيفة واحدة بحسب أوضاعهم السابقة.