صراع شديد وقوى يدور داخل جامعة بورسعيد بدأ مبكراً بعد إقالة الإخوانى الدكتور عماد عبدالجليل، وتعيين الدكتور عاطف علم الدين، قائماً بأعمال الرئيس الذى انتهت ولايته فى 30 يوليو 2014 واختيار الدكتور علاء حامد، عميد كلية التربية الرياضية، قائماً بأعمال الرئيس – بصفة مؤقتة - لحين اختيار رئيس للجامعة من بين 14 عضو هيئة تدريس تقدموا بأوراق ترشيحهم للمنصب وترشيح ثلاثة من بينهم، تم استبعاد واحدة وتبقى اثنان. وبعد عام من تولى "حامد" للجامعة، قام كل من الدكتور عبده زكى محمد خفاجى، والدكتور ممدوح محمد غريب الشناوى، من أعضاء هيئة تدريس جامعة بورسعيد، برفع دعويين قضائيين بإلغاء قرار وزير التعليم العالى بتعيين "حامد" القائم بأعمال رئيس جامعة بورسعيد بمخالفة القرار الإداري الوزاري رقم 2972 كقائم بعمل رئيس جامعة بورسعيد لاجتماعات المجلس الأعلى للجامعات المصرية، ويعتبر القرار منعدماً قانوناً ومخالفاً للمادة 18 الفقرة (أ) واغتصاباً لصلاحيات واختصاصات رئيس الجمهورية لعدم صدور قرار جمهوري بتعيينه طبقاً للمواد (25 - 29 ) من قانون تنظيم الجامعات المصرية، وعليه صدر أخيراً حكم من محكمة القضاء الإدارى ببورسعيد برئاسة المستشار الدكتور الدايدمونى مصطفى الدايدمونى، نائب رئيس مجلس الدولة، ورئيس محكمة القضاء ببورسعيد، أصدرت حكماً فى الدعويين رقمى 3313/3ق، و3614 /3ق بإلغاء قرار وزير التعليم العالى بتعيين الدكتور علاء الدين حامد مصطفى القائم بأعمال رئيس جامعة بورسعيد وما يترتب عليه من آثار لمخالفته المادتين رقمى 25 و29 من قانون تنظيم الجامعات وقبول الدعويين شكلاً وتنفيذ الحكم بمستودته الأصلية دون إعلان. وعقب الحكم القضائى ترأس الدكتور راشد القصبى، النائب الوحيد بالجامعة، اجتماع المجلس فى غياب الدكتور علاء حامد، الذى لا يزال ينتظر قراراً من الدكتور سيد عبدالخالق، وزير التعليم العالى، بالمد له، وهو ما يعد مخالفة، أو فتح باب الترشح من جديد لاختيار رئيس للجامعة، وهو ما سيشعل النار فى الرماد، أو تنفيذ الحكم القضائى باستبعاد "حامد" وتعيين "القصبى" رئيساً أو قائماً بأعمال الرئيس لفترة جديدة، وتنتظر جامعة بورسعيد انتهاء هذا الصراع الذى هز أركان الجامعة وخلق صراعات شديدة، ويحاول البعض إقحام أعضاء هيئة التدريس والطلبة والعاملين بالجامعة لعمل وقفات احتجاجية قد تدخل بالجامعة فى نفق مظلم.