رفع أساتذة وباحثون وطلاب الدراسات العليا وموظفو وخريجو جامعة النيل دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة للطعن في قرارات رئيس الوزراء بقبول تنازل المؤسسة الأهلية التي أنشأت الجامعة عن كل أصول الجامعة وممتلكاتها وتجهيزاتها وكل التبرعات والمنح التي خصصت للجامعة لصالح وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات وتضمن التنازل عن صندوق تطوير التعليم التابع لمجلس الوزراء. وطالب أساتذة الجامعة من خلال القضية إلغاء هذه القرارات وتمكينهم من دخول مقرهم الذي تم اخلاؤه منذ 5 شهور. يذكر أن الفريق أحمد شفيق كان قد أصدر قراراً بنقل ملكية مقر الجامعة من وزارة الاتصالات إلى صندوق تطوير التعليم التابع لمجلس الوزراء وصدق عليه رئيس الوزراء الحالي عصام شرف وتم طرد أساتذة وباحثي وطلاب الجامعة من مقر جامعتهم بالشيخ زايد ومنعوا من استخدام معاملهم وأجهزتهم. ويعانى أساتذة وباحثو طلاب الجامعة حاليا وبعد طردهم من مقرهم من عدم الاستمرار في القيام بعملهم واستكمال أبحاثهم التي يقومون بها. ويدرس بالجامعة حوالي 290 طالب ماجستير منهم 120 طالبا باحثا من أوائل خريجي الجامعات المصرية تمنحهم الجامعة منحا كاملة ومرتبات شهرية حتى يتفرغوا للأبحاث العلمية ويحصل باقي طلاب الدراسات العليا على منح تتراوح بين 40% و100% . هذا بالإضافة إلى 86 طالبا بمرحلة البكالوريوس.