قام 90 من أساتذة وباحثين وطلاب الدراسات العليا بجامعة النيل، برفع دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة، للطعن في قرارات رئيس الوزراء بقبول تنازل المؤسسة الأهلية التي أنشأت الجامعة عن كل الأصول والممتلكات والتجهيزات، فضلا عن كل التبرعات والمنح التي خصصت لها؛ وذلك لصالح وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات، ومنها لصندوق تطوير التعليم التابع لمجلس الوزراء. وطالب أساتذة الجامعة -فى بيان صادر عن الجامعة الخميس- بإلغاء هذه القرارات وتمكينهم من دخول مقرهم الذي تم إخلاؤه منذ 5 أشهر. ويذكر أن الفريق أحمد شفيق -رئيس الوزراء السابق- كان قد أصدر قرارا بنقل ملكية مقر الجامعة من وزارة الاتصالات إلى صندوق تطوير التعليم التابع لمجلس الوزراء، وصدق عليه رئيس الوزراء الحالي الدكتور عصام شرف، وتم طرد أساتذة وباحثين وطلاب الجامعة من مقر جامعتهم بالشيخ زايد خلال ثورة يناير، ومنعوا من استخدام معاملهم وأجهزتهم وقد تواكب مع ذلك توقف كل مصادر التمويل التي كانت تدعم النشاط البحثي والتعليمي للجامعة . وتعد جامعة النيل أول جامعة بحثية غير هادفة للربح في مصر، وبدأت نشاطها عام 2007 في الدراسات العليا والأبحاث واستطاعت اجتذاب 40 عالما مصريا متميزا من أمريكا وكندا وأوروبا عادوا إلى مصر ليقوموا بأبحاثهم مع نخبة من خريجي الجامعات المصرية في العديد من التخصصات الهندسية والتكنولوجية.**