قام أكثر من 90 من أساتذة وباحثي وطلاب الدراسات العليا وموظفي وخريجي جامعة النيل برفع دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة للطعن في قرارات رئيس الوزراء بقبول تنازل المؤسسة الأهلية التي أنشأت الجامعة عن كل أصول الجامعة وممتلكاتها وتجهيزاتها وكل التبرعات والمنح التي خصصت للجامعة لصالح وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات ومنها لصندوق تطوير التعليم التابع لمجلس الوزراء. ويطالب أساتذة الجامعة بإلغاء هذه القرارات وتمكينهم من دخول مقرهم الذي تم إخلاؤه منذ 5 شهور. يذكر أن الفريق أحمد شفيق كان قد أصدر قرارا بنقل ملكية مقر الجامعة من وزارة الاتصالات إلى صندوق تطوير التعليم التابع لمجلس الوزراء وصدق عليه رئيس الوزراء الحالي عصام شرف وتم طرد أساتذة وباحثي وطلاب الجامعة من مقر جامعتهم بالشيخ زايد خلال ثورة يناير 2011 ومنعوا من استخدام معاملهم وأجهزتهم وقد تواكب مع ذلك توقف كل مصادر التمويل التي كانت تدعم النشاط البحثي والتعليمي للجامعة . وجامعة النيل هي أول جامعة بحثية غير هادفة للربح في مصر، وبدأت نشاطها عام 2007 في الدراسات العليا والأبحاث واستطاعت اجتذاب 40 عالما مصريا متميزا من أمريكا وكندا وأوروبا عادوا إلى مصر ليقوموا بأبحاثهم مع نخبة من خريجي الجامعات المصرية في العديد من التخصصات الهندسية والتكنولوجية. وتردد أن الجامعة ستكون نواة لمشروع الدكتور زويل ولكن بعد زيارة الدكتور زويل الأخيرة وقرارات مجلس الوزراء بشأن مشروعه تأكد أن مقر وتجهيزات جامعة النيل - والتي تم طرد الأساتذة والباحثين والطلاب منها - هي فقط ما سيتم ضمه لمشروع زويل .