اعتبر تنظيم الإخوان ، أن الرئيس المعزول محمد مرسى، سعى لبناء دولة موحدة قوية ناهضة متقدمة، خلال فترة حكمه وهو ما اجتهد الرئيس الدكتور محمد مرسي في إرسائه، خلال العام الأول من حكمه ، مضيفا أن مرسى، سعى فيها جهده للرفق بالمصريين، والوقوف عند حدود القانون، وعدم التجاوز ضد فرد أو هيئة أو حزب، رغم كثرة محاولات التعويق والإفشال من أجهزة الدولة العميقة ومن القوى السياسية الفاشلة، ومن بعض القوى الثورية والشبابية التي اختلط الأمر عليها، أو اختلف اجتهادها مع اجتهاد الرئيس محمد مرسي. وقال التنظيم ، فى الرسالة الأسبوعية التى تصدرها الجماعة فى غياب المرشد العام للجماعة تحت عنوان " بين النظام الإسلامي والنظام الاستبدادي"، إن البعض نظر إلى هذه المواقف المترفعة من الرئيس المعزول عن الانتقام والإساءة على أنها ضعف، بسبب استغلال البعض لسماحة الرئيس وسعة صدره وتجاوزه عن كثير من الإساءات البالغة لشخصة ولأسرته، بل لمجمل المشروع الذي يتبناه وينتمي إليه. وأضاف التنظيم على حد زعمه : ثم تحرك الانقلابيون في تهيئة المشهد السياسي وخداع الأمة للقيام بعملية البغي والانقلاب الغادر، بزعم الانتصار للجماهير التي ترفض الرئيس مرسي وتسعى لانتخابات رئاسية مبكرة، وبدلا من أن تنحاز المؤسسة العسكرية للشرعية ولإرادة الشعب الممثلة في المؤسسات الدستورية المنتخبة، فإنها وظفت الاختلاف السياسي للقيام بانقلابها الدموي، لتعيد الحكم الاستبدادي بأقسى مما كان، ولم يدركوا أن قيامهم بدورهم الحقيقي في حماية الدولة الشرعية كان يمكن أن يمثل لهم رصيدًا كبيرًا من الحب إذا قاموا بضبط أدائهم مع الرئيس الشرعي ومع أبناء أمتهم على اختلاف فئاتهم، وحرصوا على التعامل القانوني، لكنهم وبكل أسف ساروا في الطريق الخطأ، ولم يكتفوا بارتكاب كبيرة البغي والانقلاب، بل بالغوا في سفك الدماء وترهيب الناس وتكميم الأفواه واعتقال الأحرار الشرفاء، فقسموا الشعب وأثاروا نعرات الكراهية، وأطلقوا العنان لفئة من الأغرار أن يؤلبوا بعض الشعب على بعض، وأن يدفعوا في اتجاه الاستبداد والحكم الفردي، مما يضعنا أمام إدارة يبغضها الشعب وتبغضه، فتكون النتائج غاية في السوء ولا حول ولا قوة إلا بالله.