تقدم خالد على المرشح السابق لرئاسة الجمهورية، بدعوى قضائية أمام محكمة القضاء الادارى، ضد كل من رئيس الجمهورية وبصفته رئيس مجلس الدفاع الوطنى ورئيس المجلس الاعلى للقوات المسلحة، يطالب فيها بصفة مستعجلة بوقف تنفيذ القرار رقم 348 لسنة 2012 الصادر من رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة، وما يترتب عليها من آثار أهمها بطلان انعقاد مجلس الدفاع الوطنى بتشكيله الحالى، وبطلان القرارات الصادرة منه. وذكر على فى دعواه رقم 49469 لسنة 66 قضائية، أن المجلس العسكرى قام بانتهاك واضح وصريح للنظام الديمقراطى الذى تسير عليه البلاد، فى إصداره للقرار رقم 348 لسنة 2012 بتاريخ 14 يونيو 2012 بشأن تشكيل مجلس الدفاع الوطنى وسيادة الطابع العسكرى والهيمنة العسكرية على أغلبية أعضائه، وأن القرار الخاص بتشكيل مجلس الدفاع الوطنى قد جاء مخالفا للقانون ومفتقدا للشرعية. ونوه الى أن القرار مشوب بعيب الانحراف وإساءة استعمال السلطه؛ حيث إن القرار صدر بتاريخ 14 يونيو 2012 أى قبل موعد تسليم السلطة، وادراة شئون الدوله للرئيس المدنى المنتخب، فإنه يكون الهدف من إصدار القرار هو هيمنة المؤسسة العسكرية على مقاليد الحكم، وانفرادها بإصدار قرارت باسم مجلس الدفاع الوطنى، مما يعد ذلك من قبيل إساءة استعمال السلطة. وأوضح على أن القرار يؤدى الى طغيان المؤسسة العسكرية على اختصاصات رئيس الجمهورية المدنى المنتخب، معتبرا أن تشكيل مجلس الدفاع الوطنى بهذا الشكل يعكس طغيان للمؤسسة العسكرية الممثلة فيه، على السلطة المدنية لدرجة أن المؤسسة العسكرية هى وحدها التى تعطل أو تفعل أعمال هذا المجلس. وأشار إلى موعد إصدار القرار يؤكد هيمنة المؤسسة العسكرية على السلطة المدنية المنتخبة، وتقلدها مقاليد إصدار جميع القرارات الصادرة عن مجلس الدفاع الوطنى، كما أن القرار جاء مخالفا لمبدأ سيادة الدولة المدنية، من منظور المفاهيم الديمقراطية التى يقوم نظام الحكم عليها على ما تقضى به المواد 1و2و3و4 من الدستور، على ضوء المعايير التى التزمتها الدول الديمقراطية فى ممارستها لسلطاتها.