اقام خالد على المحامى ومرشح الرئاسة السابق دعوى قضائية امام محكمة القضاء الادارى ضد كلا من رئيس الجمهورية وبصفته رئيس مجلس الدفاع الوطنى ورئيس المجلس الاعلى للقوات المسلحة طالب فيها بصفة مستعجلة بوقف تنفيذ القرار رقم 348 لسنة 2012 الصادر من رئيس المجلس الاعلى للقوات المسلحه وما يترتب عليها من اثار اخصها بطلان انعقاد مجلس الدفاع الوطنى بتشكيله الحالى وبطلان القرارات الصادرة منه. وذكر فى دعواه رقم 49469 لسنة 66 قضائيه ان المجلس العسكرى قام بانتهاك واضح وصريح للنظام الديمقراطى التى تسير عليه البلاد فى اصداره للقرار رقم 348 لسنة 2012 بتاريخ 14 يونيو 2012 بشأن تشكيل مجلس الدفاع الوطنى وسيادة الطابع العسكرى والهيمنه العسكريه على اغلبية اعضائه وان القرار الخاص بتشكيل مجلس الدفاع الوطنى قد جاء مخالفا للقانون ومفتقدا للشرعية. واضاف ان القرار يؤدى الى طغيان المؤسسة العسكرية على اختصاصات رئيس الجمهورية المدنى المنتخب معتبرا ان تشكيل مجلس الدفاع الوطنى بهذا الشكل انما تعكس طغيان للمؤسسه العسكرية الممثلة فيه على السلطة المدنيه لدرجة ان المؤسسة العسكرية هى وحدها التى تعطل او تفعل اعمال هذا المجلس. واشار الى ان موعد اصدار القرار يؤكد هيمنة المؤسسة العسكرية على السلطة المدنية المنتخبة وتقلدها مقاليد اصدار جميع القرارات الصادرة عن مجلس الدفاع الوطنى كما ان القرار جاء مخالفا لمبدأ سيادة الدوله المدنيه من منظور المفاهيم الديمقراطيه التى يقوم نظام الحكم عليها على ما تقضى به المواد 1و2و3و4 من الدستور على ضوء المعايير التى التزمتها الدول الديمقراطيه فى ممارستها لسلطاتها. وافاد ان القرار مشوب بعيب الانحراف واساءة استعمال السلطة حيث ان القرار صدر بتاريخ 14 يونيو 2012 اى قبل موعد تسليم السلطه وادراة شئون الدوله للرئيس المدنى المنتخب فانه يكون الهدف من اصدار القرار هو هيمنة المؤسسه العسكريه على مقاليد الحكم وانفرادها باصدار قرارت باسم مجلس الدفاع الوطنى مما يعد ذلك من قبيل اساءة استعمال السلطة.