أقامت أربع منظمات مدنية دعوى قضائية أمام مجلس الدولة مطالبين فيها بإصدار حكم بصفة مستعجلة بوقف تنفيذ قرار المجلس الأعلى للقوات المسلحة 348 لسنة 2012 الصادر بتكوين مجلس الدفاع الوطنى. وأكدت الدعوى، التى أقامها كل من مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان ومركز النديم لتأهيل ضحايا العنف ومركز هشام مبارك للقانون والمبادرة المصرية لحقوق الإنسان، أن تشكيل المجلس الدفاع الوطنى أغلبه من العسكريين بنسبة عشرة الى سبعة وأن قراراته تتخذ برأى الأغلبية وأعطى لهذا المجلس سلطات واسعة تمس مبادئ وحقوقا دستورية مستقلة وحريات عامة مقررة. وتابعت: هذا القرار يدل على طغيان السلطة العسكرية على السلطة المدنية بهيمنتها الكاملة على تشكيل المجلس، ويدل على إهدار سيادة الدولة واحتكار القوى العسكرية لها بالمخالفة لنظم الحكم الديمقراطى الذى من المفترض أن تخضع كافة مؤسسات الدولة وسلطاتها وأجهزتها لمبادئ الديمقراطية ومبادئ القانون ومن المفترض قانونا أن تطغى السلطة المدنية على السلطة العسكرية لأن الأخيرة هى إحدى مؤسسات الدولة ولايجوز لها أن تتوغل فى مؤسسات الدولة. وانتهت الدعوى مؤكدة أن هذا القرار مخالف لأحكام المحكمة الادارية العليا بمجلس الدولة التى ترفض أى مساس او انتقاص للحقوق الدستورية المقررة للمواطنين كما أنها مخالفة لأحكام القضاء الإدارى التى ترفض المساس أو الانتقاص من حريات المواطنين.