أقامت أربع منظمات حقوقية وهى "مركز القاهرة لدراسات حقوق الإنسان ومركز النديم لتأهيل ضحايا العنف ومركز هشام مبارك للقانون والمبادرة المصرية لحقوق الإنسان" دعوى قضائية أمام مجلس الدولة طالبوا فيها بإصدار حكم بصفة مستعجلة بوقف تنفيذ قرار المجلس الأعلى للقوات المسلحة 348 لسنه 2012 الصادر بتكوين مجلس الدفاع الوطني. وأكدت الدعوى إن تشكيل المجلس الدفاع الوطني اغلبه من العسكريين بنسبة عشرة إلى سبعه وان قراراته تتخذ برأي الأغلبية وأعطى لهذا المجلس سلطات واسعة تمس مبادئ وحقوق دستورية مستقلة وحريات عامة مقرره فهذا القرار يدل على طغيان السلطة العسكرية على السلطة المدنية بهيمنتها الكاملة على تشكيل المجلس وهذا يدل على إهدار سيادة الدولة واحتكار القوى العسكرية لها بالمخالفة لنظم الحكم الديمقراطي الذي من المفترض أن تخضع كافه مؤسسات الدولة وسلطاتها وأجهزتها لمبادئ الديمقراطية ومبادئ القانون ومن المفترض قانونا أن تطغى السلطة المدنية على السلطة العسكرية لان الأخيرة هي إحدى مؤسسات الدولة ولا يجوز لها أن تتوغل في مؤسسات الدولة وانتهت الدعوى مؤكده إن هذا القرار مخالف لأحكام المحكمة الإدارية العليا بمجلس الدولة التي ترفض أي مساس أو انتقاص للحقوق الدستورية المقررة للمواطنين كما أنها مخالفة لأحكام القضاء الإداري التي ترفض المساس أو الانتقاص من حريات المواطنين النديم والمبادرة وهشام مبارك ومركز القاهرة: القرار يؤكد طغيان السلطة العسكرية وإعطاء العسكريين 10 مقاعد والمدنيين 7