أقام وائل السعيد المحامي دعوى قضائية برقم (32349) أمام محكمة القضاء الاداري وكيلا عن المهندس حمدي الفخراني عضو مجلس الشعب ومحمد صبري أستاذ الكيمياء بجامعه النيل ضد رئيس مجلس الوزراء ووزير التعليم العالي ورئيس مجلس ادارة المؤسسة المصرية لتطوير التعليم للطعن علي قرارات رئيس مجلس الوزراء الصادرة بخصوص نقل الإشراف الإداري على أرض ومباني جامعة النيل إلى صندوق تطوير التعليم وإستخدام مدينة زويل للعلوم للمباني و المنشأت المقامة على الاراضي التي خصصت من هيئة المجتمعات العمرانية لوزارة الإتصالات لبناء الجامعة عليها . أكد " السعيد" فى دعواه أنه لا يوجد أى سند قانونى يسوغ نزع أرض ومبان ومعامل وتجهيزات وأموال جامعة النيل بل لا يوجد أى مبرر منطقى أو عقلانى لذلك، مشيرا إلى أن حسن إدارة أصول البلاد كان - وما زال - يوجب الإبقاء على جامعة النيل ككيان أكتمل وعمل وأعطى ثماره وإقامة ما يماثله أو هو أكبر منه لصالح نهضة الوطن. تضمنت عريضة الدعوى أدلة دامغة على عدم مشروعية ما تم اتخاذه حيال جامعة النيل فى عهدى الفريق أحمد شفيق والدكتور عصام شرف مشيرة إلى أن كل القرارات التى تم اتخاذها للقضاء ظلما على هذا الكيان تمت فى فترة دولة بلا رئيس. وقالت الدعوى إنه تم إشهار المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي برقم 1777 في 25 2 2003 بمحافظة الجيزة وفقا لأحكام القانون 84 لسنة 2002، ومنحت صفة النفع العام سنة 2004 وحدد لها ميدان عمل وحيد وهو الخدمات الثقافيه والعلمية وصولا إلى تحقيق أهدافها وعلى رأسها انشاء الجامعه التكنولوجيه المصريه جامعه أهليه لا تهدف للربح ومقرها السادس من أكتوبر ونفاذا لذلك قامت هيئة المجتمعات في 4أكتوبر 2003 بتخصيص قطعه أرض بمساحة 127.023 فدان بمحور كريزي ووتر بمدينة الشيخ زايد لوزارة الاتصالات لإقامة جامعه النيل. تابع صدر قرار رئيس مجلس الوزراء عام 2006 بالموافقة على التخصيص الممنوح من وزارة الاتصالات للمؤسسة بتخصيص قطعة ارض لأنشاء الجامعه لمدة عشرين عاما. كما حصلت المؤسسة المصرية للتعليم والتطويرالتكنولوجي على قرار رئيس الجمهورية بانشاء جامعة النيل، وقد نص القرار على أن الجامعة لا تهدف للربح وتكون لها الشخصية الإعتبارية ومقرها الجيزة وأن يمثلها أمام القضاء رئيس الجامعة. وتولت وزارة الاتصالات بناء الجامعه بتكلفه 400 مليون جنيه و قبل ثورة 25 يناير بخمسة أيام وافق مجلس الجامعاات الخاصه و الأهليه على تحويل جامعة النيل الى جامعه أهليه وصدر قرار مجلس أمناء المؤسسه المصريه لتطوير التعليم التكنولوجي بالموافقه على التنازل بصورة نهائيه وغير مشروطة من حق الانتفاع لصالح وزارة الاتصالات ، وبتاريخ 19 فبراير 2011 بعد تنحي مبارك صدر قرار رئيس مجلس الوزراء رقم 305 لسنة 2011 بالموافقه على قبول التنازل وصدر قرار من المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي بالتنازل عن التجهيزات التي تمت و قيمتها 40 مليون جنيه بالإضافة الى ما تبقى من تبرعات . وقالت الدعوى أن تغيير غرض تخصيص الاراضي يؤدي الى بطلان التخصيص وأن صدور قرار بتحويل جامعة النيل الى جامعه أهلية يعني أن تتحول إلى أموال عامة تخضع لرقابة الجهاز المركزي للمحاسبات ويخصص العائد لتطويرها و خدمة المجتمع المدني وزيادة المنح الجامعية وأشارت صحيفة الدعوى الى أن القرارات الوزارية التي صدرت بخصوص الجامعه لم تنص على التنازل عن المباني و المنشأت التي أقامتها .
