أقام وائل السعيد المحامي دعوى قضائيه رقم (32349) أمام محكمة القضاء الإداري وكيلا عن المهندس حمدي الفخراني عضو مجلس الشعب ومحمد صبري أستاذ الكيمياء بجامعه النيل، ضد كل من رئيس مجلس الوزراء ووزير التعليم العالي ورئيس مجلس إدارة المؤسسه المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي ورئيس مجلس إدارة هيئة المجتمعات العمرانية الجديدة، للطعن علي قرارات رئيس مجلس الوزراء الصادرة بخصوص نقل الإشراف الإداري على أرض ومباني وتجهيزات وتبرعات جامعة النيل إلى صندوق تطوير التعليم واستخدام مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا للمباني والمنشآت المقامة على الأراضي التي خصصت من هيئة المجتمعات العمرانية لوزارة الاتصالات لبناء الجامعة عليها. وقال السعيد فى دعواه أنه لايوجد أى سند قانونى يسوغ نزع أرض ومبان ومعامل وتجهيزات وأموال جامعة النيل بل ولا يوجد أى مبرر منطقى أو عقلانى لذلك، مشيرا إلى أن حسن إدرة أصول البلاد كان – وما زال – يوجب الإبقاء على جامعة النيل ككيان اكتمل وعمل وأعطى ثماره وإقامة ما يماثله أو هو أكبر منه لصالح نهضة الوطن، حسبما ورد في صحيفة الدعوى. وأشارت عريضة الدعوى إلى أن ما تم إتخاذه من قرارات حيال جامعة النيل فى عهدى الفريق أحمد شفيق والدكتور عصام شرف، تم فى فترة دولة بلا رئيس وعبر استخدام التليفون والتوجيهات. واعتبرت أن كل القرارات التي صدرت تعد باطلة لأن جامعة النيل لا يمثلها إلا رئيسها وليس المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي حتى تصدر قرارات بالتنازل واعتبرت أن صدور قرار بتحويل جامعة النيل إلى جامعه أهلية يعني أن تتحول إلى أموال عامة تخضع لرقابة الجهاز المركزي للمحاسبات ويخصص العائد لتطويرها وخدمة المجتمع المدني وزيادة المنح الجامعية. وأشارت صحيفة الدعوى الى أن القرارات الوزارية التي صدرت بخصوص الجامعه لم تنص على التنازل عن المباني والمنشأت التي أقامتها وزارة الاتصالات كمبنى لجامعة النيل.