رفضت جماعة الإخوان المسلمين في مصر إدراج روسيا للجماعة على قائمة المنظمات الإرهابية، ووصفت ذلك بأنه تدخل سافر في الشأن المصري ويدخل في إطار العداء للإسلام، وصرح الدكتور محمد حبيب نائب مرشد الإخوان بأن هذا الإجراء من جانب السلطات الروسية محاولة تحريضية ضد الإخوان المسلمين "الذين يعرف عنهم نبذهم للعنف"، موضحا أن موقف الجماعة من الإرهاب واضح سواء كان إرهاب الأفراد أو إرهاب الدول، مع ضرورة التفريق بين مقاومة المحتل الأجنبي وحق الشعوب في الدفاع عن نفسها. وسخر حبيب من الخطوة الروسية، مشددا على أن حركة الإخوان المسلمين تعد "أقوى فصيل سياسي في مصر" وله وحضوره القوي، فضلا عن تمتعه ب88 نائبا في البرلمان علاوة على وجوده في النقابات ومؤسسات المجتمع المدني وتجذره في الشارع المصري.
من جانبه اعتبر عبد الجليل الشرنوبي رئيس تحرير موقع إخوان أون لاين في تصريح للجزيرة نت أن هناك حملة عالمية ضد الإسلام بصفة عامة والحركات الإسلامية خصوصا، مشيرا إلى أن الغرب الذي فشل في إيجاد تعريف دقيق للإرهاب يحاول خلط الأوراق واتهام الإسلام بالإرهاب.
أما الدكتور عبد الله الأشعل أستاذ القانون الدولي والعلاقات الدولية والسفير السابق بوزارة الخارجية المصرية فاعتبر في حديث للجزيرة نت أن الموقف الروسي من التيارات الإسلامية جاء بسبب موقف هذه الحركات من القضية الشيشانية الأمر الذي أربك وجهة النظر الروسية من هذه الحركات.
وكان السفير الروسي في العاصمة الأردنية عمان ألكسندر كالوجين قد أعلن أن جماعة الإخوان المسلمين في مصر مدرجة على قائمة الإرهاب الروسية، من دون أن يشمل ذلك جماعة الإخوان بالأردن معللا ذلك بأن الجماعة المصرية حركة محظورة بخلاف نظيرتها الأردنية التي "هي حركة شرعية معترف بها في المملكة".