وجهت نيابة أمن الدولة لدكتور مجدى قرقر الأمين العام لحزب الاستقلال والعضو البارز بالتحالف الوطنى لدعم الشرعية، عدة تهم ضمن التهم المعدة خصيصا مسبقا للقيادات الكبرى، التى يريدون أن يتخلصون منها، فى ، محاولة منهم لتعجيز الثوار، وهى نفس التهم التى وجهت للمناضل مجدى حسين رئيس حزب الاستقلال، وهى قلب نظام الحكم والانضمام لمؤسسة وجماعة على أساس غير قانونى ، وقلب نظام الحكم وتعطيل الدستور، ثم أمروا بترحيله إلى سجن طرة. واستمر التحقيق مع الأمين العام لحزب الاستقلال 5 ساعات متصلة ، من الساعة 12 إلى الساعة 5، ثم قرروا استئناف التحقيقات السبت القادم، وجهت نيابة أمن الدولة بمصر الجديدة فى ال5 ساعات التهم المعدة له وسط نفيه التام لجميع التهم، كما رصدوا الأحراز التى من المفروض أن تكون أدوات إدانته، وهى عبارة عن اللاب توب والتاب وهواتف خاصة به، وكتب متداولة فى السوق وليس لها صلة بما وجه إليه كتب تثقيفية منتشرة بالمكتبات. وكانت قوات الانقلاب قد قامت باعتقال د. مجدى قرقر بعد اقتحام منزله والاستيلاء على اللاب التاب الخاص به والعبث بمحتويات الشقة، واقتياده إلى جهة غير معلومة وذلك بعد دعوات التحالف بانتفاضة شعبية يوم الثالث من يوليو. وجديرا بالذكر أن بعض المواقع قد ذكرت أن مجدى حسين ود. مجدى قرقر ضمن 5 متهمين فى قضية تكوين تنظيم إرهابى "يقصد به تحالف دعم الشرعية" ، وجار ضبط باقى الأعضاء ال 145 ، على حد زعم تلك المواقع.