رأى المعهد المصري للدراسات السياسية والاستراتيجية، أن أكثر ما كان يرعب الاحتلال الإسرائيلي في المنطقة هو جماعة الإخوان المسلمين، وذلك قبل انتشار الجماعة عالميًا وأصبحت تهدد الثقافة الغربية بأكملها. وأشار المعهد، في دراسته إلى أن إسرائيل تدرك أكثر من غيرها أن الجماعة تحمل في جيناتها الأولى التي غرزها فيها مؤسسها حب فلسطين والمقاومة دونها وهو أمر وقع بالفعل وليس شعارا يرفع أو هما يفكر فيه، مما جعلها تقود حملاتها العالمية لتشويه الجماعة إلصاق تهمة الإرهاب بها. وقالت الدراسة إن "بعض الإستراتيجيين في الغرب، ينظر إلى الجماعة بمنظارين اثنين: منظار يقوم على أن الجماعة تهديد واقعي وجاد ضد الفلسفة الغربية بثقافتها وحضارتها ودينها ومن ذا تقوم كثير من دوائر النفوذ بتحريض السلطات العربية والإسلامية ضد الجماعة لتجفيف منابع غذائها وعطائها سواء على المستوى الدولي أو على مستوى التشويه الإعلامي ومحاصرة القيادات ومنعهم من الدخول والخروج، ويقف وراء ذلك الكيان الصهيوني". وأضافت: "وأما المنظار الآخر يقوم على الرصد والتحليل وأبرز ما في هذا الصدد قيام هيئة من الحكماء الدوليين مقرها سويسرا في مرات كثيرة على امتداد العقود المنصرمة على استنباط نتيجة قوامها أن حركة الإخوان المسلمين في مصر خاصة وفي العالم العربي والإسلامي بصفة عامة رقم سياسي واجتماعي وشعبي وإستراتيجي لا يمكن شطبه من المعادلة بيسر وسهولة وأن أجدى شيء لتخفيف العبء على تلك الأنظمة التي تواجه الاحتقان ضدها هو الاعتراف بالجماعة ومختلف مكوناتها بسبب أنها معتدلة نسبيا ويمكن التحاور معها. بث ذلك مرات ومرات إلى الحكومة المصرية في عهد المخلوع مبارك ولكن كما قال الشاعر: لقد أسمعت لو ناديت حيا ولكن لا حياة لمن تنادي".