أدانت وزارة الخارجية تغافل بعض الدول والمنظمات عن عمد حقيقة أن المتهمين المحكوم عليهم بالإعدام فى قضيتي «اقتحام السجون والتخابر»قد تم إدانتهم في محاكمات عادلة ونزيهة بارتكاب «جرائم» جنائية وليست سياسية". وأوضحت أن المحكوم عليهم متهمون ب"اقتحام السجون وإضرام النيران في مبان حكومية وشرطية وتخريبها، والاستيلاء على ما تحتويه مخازنها من أسلحة وذخائر، وارتكاب أعمال عدائية وعسكرية، وقتل ما يزيد على خمسين من أفراد الشرطة وسجناء". وأكدت الوزارة أن أحد المبادئ الراسخة لأي نظام ديمقراطي هو مبدأ الفصل بين السلطات وضمان استقلالية القضاء، مشددة على ما يكفله القانون المصري من ضمانات كاملة لتوفير محاكمات عادلة ونزيهة للمتهمين لصون حقوقهم. وأشارت إلى أن "الأحكام الصادرة اليوم ليست باتة، حيث يحق للمتهمين الطعن مرتين على الأحكام أمام محكمة النقض وفقاً للمواعيد المقررة قانوناً". ورفضت ما سمته "الإساءة إلى القضاء المصري" من قبل بعض الدول، على خلفية الأحكام في قضيتي "اقتحام السجون" و"التخابر"، معتبرة أنها "محاولات بائسة لفرض إملاءات ورؤى وسياسات تتنافى مع إرادة الشعب المصري". وشددت الخارجية على أن "الاتهام بأن الأحكام قد تمت بالمخالفة للقيم والمعايير القضائية العالمية، إنما هو تجني علي سلطة قضائية عريقة وضع الشعب المصري ثقته فيها لإنفاذ العدالة وفقا للدستور والقانون". وأعربت عن دهشتها من محاولة هذه الجهات أن "تنصب نفسها سلطة تقييم لمجتمعات أخري والتي ترفض هذا المسلك وتتشكك في دوافعه وأهدافه". ونصحت الخارجية تلك الأطراف "بمراجعة سياسات وإجراءات ترتكبها بشكل ممنهج علي الصعيدين الداخلي والخارجي وتتسم بالازدواجية". وأضافت الخارجية أن "تعمد استمرار جهات أجنبية إغفال التفرقة بين الأحكام الحضورية والغيابية واعتبار الأحكام جماعية تضم المئات، أو وصف المحاكمات الخاصة بالرئيس المعزول وأعوانه بأنها سياسية رغم أنها مرتبطة بأفعال مجرمة في قانون العقوبات، إنما يعد تعمدا للتضليل".